《忍者神龟3•曼哈顿计划》共有八关。野心家斯莱德掳走了埃普莉尔，更把整个曼哈顿城区升到了天上——又要看海龟们的了！
第1关 海滩，BOSS是牛头。
第2关 海洋和潜艇，BOSS是只犀牛。
第3关 大桥，BOSS是猪面，还有个海龟小BOSS。
第4关 纽约 空中的曼哈顿！
BOSS是巨型鼹鼠。
第5关 排水沟 潜入地下，在下水道作战！！BOSS是鳄鱼。
第6关 科技球 寻找爱普莉尔！BOSS斯莱德（被打败后会逃走），小BOSS红狼
第7关 大楼 漏网的斯莱德！！BOSS是只鳄龟
第8关 飞船 最终战，先是机械克朗，后是最终BOSS超级斯莱德。
fc忍者神龟一共有8关（boss）分别是第一关犀牛，第二关的野牛，第三关的野猪第四关的老鼠，第五关的鳄鱼，第六关的假斯奈德，第七关的鳄龟，第八关的真斯奈德。
