由于人类科技文明的不断发展，在未来的一场称名为“火之七日”的战争中地球被毁于一旦。自此千年之后的地球被一种由菌类构成带有强烈毒性的植物形成的新生态体系所覆盖，称其为“腐海”。只有巨型昆虫能够适应其中。随着时间的推移，腐海有条不紊地向四周蔓延，蚕食周边世界，而人类只能仅存于少数的土地之上。在面对巨型昆虫和会释放瘴气的腐海森林包围的威胁下艰难的生存着。
我们的女主角娜乌西卡公主和她的臣民们依靠风之谷的地理优势得以抵御有毒孢子的侵蚀，使得有毒的孢子被海风挡在其外。而她的智慧和爱心也多次化解了谷民和王虫之间的矛盾，使得大家过着平静祥和的生活。而娜乌西卡也在长久的实践中学会了同腐海和虫族的友好相处。
直到这天夜晚一架运输机的坠落打破了风之谷的平静。看着满是王虫的运输机坠毁，娜乌西卡随即便冲进火海残骸中救出了培吉特一息尚存的拉丝黛儿，被救出的拉丝黛儿请求娜乌西卡将货物烧毁，得到回答后便随即死去。
坠毁的运输机烧死了附在机身上虫族，唯有一只牛虻存活，为了避免不必要的对抗，公主凭着她的聪慧将牛虻送回了森林免去了这场灾祸。
隔天却在坠落地点发现了跳动着的巨大血管球体。从犹巴口中众人才得知那就是在“七日之火”中将世界付之一炬的终极武器“巨神兵”。此时正处于孵化期。
获知运输机坠落风之谷。多鲁美奇亚王国的公主库夏娜，立即派出大批编队至风之谷。士兵们也陆续闯入城中，谷中顿时间杂乱一片。惊慌的娜乌西卡担心父亲紧奔至父亲房间，发现本就重病虚弱的父亲基尔已气绝身亡。随后库夏娜率领军队俘虏了谷民。并宣扬要复活巨神兵，并要合并各部族烧掉腐海抢回失落的土地建造一片乐土。但谷民根据以往的经验，覆灭腐海和虫族根本不可能，更是不愿归于他国旗下，于是便拒理不从，但是怎奈迫于武力，为了谷中人民不必要的牺牲，娜乌西卡自愿做为人质。于是库夏娜就在此休整，待人质和物资准备齐全去往下一站培吉特。
在出发的前夜，师傅犹巴发现了藏在密室里的娜乌西卡，也才真正了解到腐海的秘密，腐海是在净化被人类污染过的土地。
在去往培吉特的途中驾驶着战斗艇的培吉特少年阿斯贝鲁对运输舰艇队进行袭击。被侵袭的运输艇迅速地坠落。娜乌西卡所乘的输送艇也难遭幸免，随后众人便进入逃生艇逃生，危机关头还救下了库夏娜。
最后众人迫降在被巨木包围着的水面。然而他们的到来很快被虫族察觉，随即就被王虫包围，被吓坏的库夏娜随即就要开枪，被娜乌西卡硬生生拦了下来，随后走上前去示意并无恶意，通过交流王虫也感知到她的心意。
但随即王虫眼睛突变猩红朝着另一个地方赶去。娜乌西卡心知定是那个先前坠落的炮艇少年激怒了虫族，于是娜乌西卡告别吓呆了的库夏娜和族人，准备去救那个少年。被激怒的虫族将阿斯贝鲁逼到了悬崖边，随即一拥而上，在坠落的途中乘着滑翔翼的娜乌西卡及时救下了阿斯贝鲁，但是因寡不敌众不慎坠向地面，不曾想地面是流沙又随即向下坠去落入地底。
等两人醒来才发现处于晶体巨树环绕的地下森林，林间水流清澈空气清新，污浊的瘴气被繁密的树冠交错形成的繁密巨网阻挡在外，只有几点阳光透过缝隙投射进来。这时他们也意识到腐海是真的在净化土地，而王虫便是腐海的守护者。
而另一边驻留在风之谷的多鲁美奇亚军队正在积极的复活巨神兵。娜乌西卡也想尽早的回去阻止，并告知大家腐海的秘密。于是隔天和阿斯贝鲁去到培吉特准备联合阻止，到了才发现培吉特已经被毁，并且培吉特方为了进一步歼灭多鲁美奇亚军队并抢回巨神兵为己所用计划以一只小王虫为诱饵诱导大群王虫进攻风之谷，得知计划的娜乌西卡想要阻拦却被俘虏关押进飞艇。
随后在拉丝黛儿家人的帮助下准备逃脱，不料这时飞艇遭遇多鲁美奇亚炮艇攻击。情急之下驾飞艇逃离，而后的炮艇也发现了她，紧急关头师傅犹巴驾炮艇赶来击毁了对方。由于担心风之谷的安危娜乌西卡便直奔而去，犹巴师傅也挺身而出去救培吉特飞艇上的妇孺。
去往的途中发现大批王虫逼近风之谷，于是吩咐驾着炮艇的族人回去报信防御，独自一人朝虫群飞去阻止虫群挺进。而娜乌西卡也发现了远处带着幼虫的飞行器，随即赶过去与其对峙，在对方的攻击中不顾安危驾着滑翔翼张开双臂朝飞行器撞去试图阻止。受了冲击的飞行器掉坠落在酸湖旁。
被抛至地面上的娜乌西卡忍着伤痛向着满身疮痍的小王虫慢慢接近试图安抚。而小王虫因为惧怕想要冲进酸湖逃离，于是娜乌西卡便挺身挡在小王虫面前以免其死掉。而这一举动也让她被小王虫推进了酸湖，但随即小王虫便明白了娜乌西卡的心意，眼睛由红色转为蓝色，娜乌西卡也疼痛倒地。小王虫也伸出金触须去安抚娜乌西卡。
但是看着大批王虫汹涌奔向谷中不朝这里来，随即挟持飞行器中准备逃跑的两人将她和小王虫送到虫群面前试图阻止虫群进攻。
但是已被炮火激怒的虫群大军瞬间将其淹没，谷民及众人见娜乌西卡葬身虫群，也随即心灰意冷四散溃逃躲避。
但随着虫群的行进速度逐步放缓慢慢停下，围绕在中间的王虫眼睛慢慢由红转蓝，随即这种变化如水波一般四散开来。随后便见满身伤痕的娜乌西卡被金色触须托举至半空然后笼罩在一片金色光芒中，在光芒的内部金色触须在一点点修复着娜乌西卡，最终娜乌西卡获得新生，而虫群也慢慢向森林退去。至此影片结束。
这部风之谷是宫崎骏导演的又一佳作，片中娜乌西卡用她的智慧和爱犹如阳光一般为末世黑暗泥沼带去温暖和光明。
如果你也喜欢请去遇见那个美丽的娜乌西卡。
