有区别，九阴真经比葵花宝典厉害很多。
在金庸武侠小说体系中，九阴真经是最厉害的武功秘籍之一，出现在《射雕英雄传》、《神雕侠侣》和《倚天屠龙记》中，尤其是前两部，很多高手都得益于这本秘籍的影响。南帝和北丐两大绝世高手武功尽失时就是靠九阴真经恢复的，郭靖能成为绝世高手大侠也离不开这本秘籍，欧阳锋逆练九阴真经才能成为疯疯癫癫的天下第一，后来杨过小龙女也是因为有九阴真经才能与天下英雄争锋。到《倚天屠龙记》，周芷若凭速成版的九阴真经可以吊打天下英雄。
葵花宝典出自《笑傲江湖》，也是资本绝世的武功秘籍，其中武功以狠辣诡秘为主，而且需要自宫才能练成，实际上不可取。岳不群、林平之练了还是打不过你会独孤九剑的令狐冲。
综上所述，《九阴真经》比《葵花宝典》厉害很多。
