奥特曼格斗进化3剧情顺序如下:
第1关：《哥尔赞的逆袭》
第2关：《影的继承者》
第3关：《黑暗的支配者》
第4关：《再见了，奥特曼》
第5关：《怪兽殿下》
第6关：《移动要塞不能上浮》
第7关：《死斗！戴拿VS戴拿》
第8关：《奥特警备队向西出发》
第9关：《两大怪兽袭击东京》
第10关：《死刑！奥特五兄弟》
第11关：《超越奥特六兄弟》
第12关:《大沉没！日本列岛的最后之日！》
第13关：《MAC全灭！圆盘是生物！》
第14关：《嘲笑之眼》
第15关：《决战之日》
第16关：《高斯VS杰斯提斯 最终对决》
第17关：《世界十大据点同时侵略指令》
第18关：《怪兽标本》
第19关：《恐怖的雷德王复活宣言》
第20关：《激斗！爱迪VS赛文》
佐菲：战斗模式中依照初代，赛文，杰克，艾斯，泰罗的顺序各通过一次后出现。
阿斯特拉：战斗模式中使用雷欧，全部用ウルトラダブルフラッシャー（奥特兄弟合体光线）这招击败对手后出现。
爱迪奥特曼：1奥特模式全任务A级以上通关。2所有奥特曼都通过一次战斗模式。3所有奥特曼都通过一次十大据点。（注：以上3个条件不包括艾斯机器人，邪恶迪迦，假戴拿和雷杰多奥特曼）
妄想赛文：雷德王复活宣言和激斗！ 战斗吧！爱迪VS赛文，这两关评价等级A以上出现。
阿古茹奥特曼：使用盖亚V2型态（需先装备）在战斗模式中通关一次后出现。
杰斯提斯奥特曼：第16关第一部分用高斯击败杰斯提斯后出现。
雷杰多奥特曼：第16关评价等级A以上出现，无法记录。
达达：奥特模式初始任务全部A级以上通关后，同隐藏关卡“怪兽标本”一起出现。
格莫拉：奥特模式“怪兽殿下”任务过关评价等级A以上出现。
雷德王：奥特模式“怪兽标本”任务中用雷德王击败初代后出现。
杰顿：奥特模式“再见奥特曼”任务中用佐菲击败杰顿后出现。
贝蒙斯坦：奥特模式“怪兽标本”任务中用贝蒙斯坦击败初代后出现
茨因特尔：奥特模式“两大怪兽袭击东京”任务评价等级A以上出现。
巴克西姆：奥特模式“怪兽标本”任务中用巴克西姆击败初代后出现。
艾斯机器人：奥特模式“死刑！奥特五兄弟”任务中直接用艾斯机器人击败艾斯*手后出现。
邪恶迪迦：奥特模式“影之继承者”评价等级 B以上通关后，在战斗模式中使用迪迦时会有一定几率遇到，击败后出现。
假戴拿奥特曼：奥特模式“死斗！戴拿VS戴拿”评价等级B以上通关后，在战斗模式中使用戴拿会有一定几率遇到，击败后出现。
宇宙正义机器人：在双打模式中使用高斯奥特曼和杰斯提斯一起通关一次后出现。
