1、游戏质量不同。《火影忍者：究极忍者风暴4》 和《火影忍者：究极忍者风暴3》都是由Cyber Connect2公司开发的一款格斗类游戏，是《究极忍者风暴》系列游戏之一。究极风暴4和3相比4画质比较好，然后是人物角色的技能更多，更炫酷。
2、剧情不同。究极风暴4和3都一样，只是剧情不同，然后是操作界面不同，因为他是同步火影动漫剧情，所以4只是接着3的剧情来走，所以只有玩3之后再玩4，是有必要都玩。
主要区别在于游戏内容，因为《火影忍者究极风暴4》承接《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3》的延续剧情，设定了由初代火影千手柱间和宇智波斑的决斗开始，接着横跨到第四次忍界大战。同时还将加入最终剧场版THE LAST的剧情。
