2013年，环太平洋地区海底深处出现了一个平行宇宙“突破点”，随后，一个巨大无比的巨兽生物从“海洋”中崛起，第一只巨兽首先摧毁了旧金山以及周围所有的海岸城市，而人类大部分企图阻止巨兽的军事行动全部以失败告终，但巨兽也最终在人类的殊死抵抗下死于核弹中，但旧金山方圆百里变成了荒芜之地。事件结束后，人类为巨兽起了“怪兽”的名字，但原本认为结束的怪兽袭击却接二连三而出现在各个环太平洋城市。人类在无计可施之下发明了他们自己创造的“怪兽”：“机甲猎人”，利用巨大机械士兵来对抗怪兽大军，由两名脑部神经网络互相串连的操纵者同步操作战斗机械士兵，利用仪器来检测怪兽的级别与代号。自从有了机甲猎人，人类开始获得胜利，甚至将怪兽袭击变成宣传活动与仪式，但人类却并不知道更加恐怖的威胁即将来临，而“怪兽战役”也就此打响。
