《火影忍者》虽然是一部以忍者为基本的少年漫画，但是当中却也涉及到了灵魂的设定。当然了，火影中关于灵魂的说法，其实很大程度上就是推进剧情的工具，并没有系统的做出过解释，所以也就导致了火影中关于灵魂的设定总是给人感觉非常混乱的样子，那么有关于火影中的灵魂设定究竟是怎样的呢？我个人挑选几个比较有代表性的桥段和忍术来做出自己的理解，当然了，这只是一家之言而已，因为关于灵魂，确实官方也没有解释。
为什么要选择这三个人物呢？其实很简单，这三个人物可以说是非常有代表性了。而且最有趣的是，卡卡西的父亲旗木朔茂曾经与卡卡西有过短暂的会面，只不过卡卡西后来又复活了而已，而且也没有被秽土转生成功，这在很大一方面是因为旗木朔茂的尸体和遗物都找不到的缘故，而再不斩和白则成功被召唤，而且重点是再不斩亲口说自己只是一闭眼一睁眼的功夫就来到了第四次忍者大战的战场上，所以就不免会有非常有趣的一点就是再不斩死后究竟是在什么地方？他有生前的记忆，却没有死后的记忆，但是旗木朔茂的灵魂却是在火堆旁悠哉的等待卡卡西。
他们的共同点是，都知道自己生前的记忆，不同之处是旗木朔茂很清楚自己死后是在哪里，而再不斩的灵魂却好像是真的睡觉了一样，所以这里，我们不妨大胆猜测一下，火影中的灵魂，其实很大程度上就是查克拉，查克拉有生命能量的意思，是精神和体能培养出的力量，受过训练的人可以控制使用查克拉，而普通人体内也是存在这种能力的，只不过无法释放而已，所以人死后，很大程度上就是查克拉凝结而成的灵魂，纲手的爱人断可以操纵自己的灵魂更是能印证这一点，而查克拉是带有感情的，所以说人生前的情感会决定灵魂的居所和状态。
旗木朔茂对卡卡西充满愧疚，希望能见到卡卡西，所以在默默地等待，卡卡西死后脑海中的牵挂也引申出了这一点，而再不斩临死之前与白在一起，他可以说是已经完成了自己的心愿，因此才能够安静的沉睡，白也是一样的道理，所以就这点来看，是造成了再不斩等人与旗木朔茂灵魂所居之处最大的不同。
中国古代神话中就有转世投胎的说法，这一点来说，深受中国影响的日本也是一样的，因此火影中也有转世投胎的说法，体现在了鸣人和佐助，初代和宇智波斑身上，然而又与我们传统印象中的转世投胎不同，因为在传统的投胎指的是一个人死后，他又重新投胎做人了，灵魂只有一个，一旦重新出生，过去的他就不复存在，但是在火影中却出现了因陀罗和阿修罗转世者同时出现在第四次忍者大战的情况，因此这一点来说，所谓的灵魂就是查克拉的羁绊，实际上初代，鸣人，阿修罗，佐助，宇智波斑，因陀罗，他们本质上的灵魂是不同的，只不过是查克拉传递了某种命运的联系而已，因此鸣人和佐助虽然是阿修罗和因陀罗的转世，但又是不同的个体。
有人认为秽土转生能召唤的只有孤魂野鬼，已经升天的灵魂是无从召唤的，不过由于我个人认为灵魂是查克拉的缘故，所以这一点自然也是要推翻的，因为前面也已经说过，火影中不存在真正的灵魂和转世投胎，有的只是查克拉的传承，而且所谓的传承也是有一定契机的，否则在因陀罗和阿修罗死后，也不可能在那么长时间里才出现初代火影和宇智波斑，在宇智波斑和初代死后，又过了那么长时间才出现鸣人和佐助，所以说，这种带有“投胎转世”意味的查克拉传承，很大程度上要看机遇才可以，这也就解释了为什么其他初代的影们依然能被六道召唤的原因。
实际上就是召唤了他们的查克拉凝聚成的灵魂而已，秽土转生也是一样的道理，为什么需要死者生前的东西（细胞，遗物，尸体等等），就是为了一个契合度的问题，然而需要一个祭品，也就是能装下灵魂的躯壳，让死者强行复活，某种意义来说，与阿修罗和因陀罗的投胎转世是一样的道理，只不过这是人为的，是违反自然规律的，而尸鬼封印这样的禁术，说白了，其实就是耗尽自己的查克拉，把自己的查克拉永久性的封印在某一个地方而已，也不是真正的死神，否则大蛇丸也不可能释放他们了。因此我个人来看，火影中的灵魂，说白了其实就是查克拉。
