看到电视上播报关于一乘寺贤失踪的消息，知道其真实动向的被挑选的孩子们发现，一乘寺贤（也就是暴龙改造者）的黑暗势力越来越大，占领了越来越多的地区。本着解放一个是一个的想法，他们再度来到了数码宝贝世界。
这是一个像极了古代日本的小镇，一度让人分不清这是现实世界还是数码宝贝世界，看到黑暗之塔后才确定这的的确确是数码宝贝世界。已经被黑暗之塔控制的这个村庄中的所有数码宝贝都对被挑选的孩子们发起了进攻。其中，就有酷似日本忍者的伊贺兽。作为同忍者属性，麻鹰兽迫不及待地装甲进化成为忍者兽，和其进行了激烈的对决。
另一头，寡不敌众的被挑选的孩子们在怪蛙兽的帮助下顺利逃到了它们的城堡，获得了暂时的安全。但是，也没想出特别好的解决方法，国王就睡觉去了。就在大家不防备之时，伊贺兽潜入了宫殿，用黑色魔轮使得它们的陛下收到了暴龙改造者的控制，并开始大肆破坏。事情到了不解决不行的地步。
被挑选的孩子们齐心协力，运用了借刀*人等多种战略手段，顺利推倒黑暗之塔，解救众数码宝贝于水火之中。然而，忍者的天性使得即使已经恢复了神智，伊贺兽还是和忍者兽进行了战斗，最终败在了忍者兽的手下，输的心服口服。
两个忍者就这么分出了胜负，但是另一头，暴龙改造者对这次的失利毫不为意，他似乎正筹谋着一个巨大的阴谋。
