故事一开始，两位忍者在月下展开决斗，最终以主角的父亲倒下告终。主角在房间中发现了父亲留下的信，告知他如果父亲未归，就带着龙之剑前往美国拜访一位名叫斯密斯的考古学家。主角戴上头罩，决意为父亲复仇。头罩让人不禁联想到《征服银行》的主角斯密斯。
主角刚到美国，就在酒吧中遭到袭击。击败袭击者后，他发现一个女子在身后，但并未多加理会。不料，女子突然袭击他。龙醒来后发现自己被关起来，而之前袭击他的女子来到此处，交给他一尊雕像，让他赶紧逃离。龙问女子身份，但女子还未回答，便有人出现，龙只能带着疑问逃跑。
龙非常迫切地想找到斯密斯，并告诉他父亲的指示。斯密斯解释了原因，他们为何会被盯上。原来，斯密斯和乔龙的父亲曾调查亚马逊遗址，发现了两个雕像和相关事件的石板。其中之一，就是之前暗算龙的女子给他的雕像。这个雕像是已知的，其中封印着邪神咒力，一旦释放出来，能在一天内毁灭一个大国。
石板还记载了，邪神降临时曾被一名忍者打败。忍者借助龙神之力，这给了龙家传宝剑的画面。虽然打败了邪神，但只能将邪神的咒力分别封印在两个雕像中。邪神本体被封印在神殿中。斯密斯正准备继续讲述，这时一名忍者突然出现抢走影之雕像，龙立即前去追捕。
龙夺回雕像后，感到一种莫名的感觉，急忙赶回斯密斯处。斯密斯已经奄奄一息，光之雕像也被抢走。斯密斯告诉龙，复活邪神必须同时使用两尊雕像，否则无效。邪神距今已有七百年，即将觉醒，龙必须阻止他成为龙之忍者。斯密斯说完就断气了，特别组织的人前来带走龙。
龙见到福斯特，福斯特也在清除邪神的事情。福斯特告诉龙，亚马逊遗址已被邪鬼王占领。袭击斯密斯的人是邪鬼王的手下。之前袭击龙的女子实际上是特别组织的卧底，被派往鬼王那里。
当黑色之月闪耀时，时间和影都会崩溃，黑暗之王将复活，这是神殿的记载。最后一段话：钓龙前往亚马逊遗址，带回两尊雕像。这里是威胁龙，而不是商量。前往亚马逊遗址的路上，龙被邪鬼王发现，女子威胁龙交出雕像。龙交出雕像后，被机关困在地下。女子成了祭品，中了机关的龙。逃出后，他决定继续完成任务。不料，他遇到了之前和他父亲单挑的那个忍者。这时，这个忍者已经变成了一个牛头人。击败牛头人后，他告诉主角，龙的父亲仍然活着。然而，如果主角继续前进，就会知道地狱的恐怖。主角当然不会被吓倒。继续前进后，他遇到了被控制的攻略。
原来，在之前的决斗中，乔并没有死，而是被邪鬼王控制了。他变成了鬼面夜叉。打败并解除父亲的控制后，邪鬼王突然袭击。父亲推开笼子，为他挡下了致命一击。接着，他们一起打败了邪鬼王。正准备撤离时，突然天狗食月。想起之前福斯特说的神殿记载的话语，他们才知道黑色之月就是天狗十，月邪神要复活了。最终，主角打败了孙悟空，但父亲却伤重而死，永远留在了邪神。这时，福斯特通过卫星发现了爆炸。他让女人接下一个任务，干掉龙结。如果女人把通讯器给了龙王，福斯特会告诉她一定会去干掉他。最终，龙问了女人的名字。原来，她叫爱玲路。结局画面中，两人依靠在一起，看日出，画面温馨。
