FC《忍者龙剑传Ⅲ黄泉的方船》，这款游戏在该系列中是最成熟的作品，首先是系统技能的调整，去掉了幻影分身的设定，增加“剑刃加长”的攻击方式，使主角动作流畅帅气。解决了很多游戏BUG问题，相对大大降低了游戏难度。使在游戏中“大量强敌的压迫感”变成“过关斩将的爽快感”。三代也是最为大众熟知的作品。
FC忍者龙剑传3游戏分7章:挑战 敌 噩梦 封印 要塞 苏生 妖兽
FC忍者龙剑传3故事讲述了艾琳被龙*害，龙为洗清名誉，调查此事，发现他的复制体，和幕后黑手福斯塔，后发现先前为龙引路的CIA特工库兰西背叛众人，强行从福手中夺走遗迹，福也被库所*，最后库借“次元战舰”欲毁灭人类，龙冲破层层机关，粉碎了库兰西的阴谋，艾琳也平安无事。游戏难度较前两代略有下降，从魔幻色彩转换至科幻故事，BOSS也有许多机器和生化改造生命。
FC忍者龙剑传3代黄泉的方舟名词详解
红衣主教（Cardinal）（カーディナル）
只出现于3代最初的介绍：艾琳死于“红衣主教”任务。可以推测为福斯特邪恶的“生化危机”计划对外界宣称的幌子。
岩石城堡（Castle Rock）（キャッスルロック）
3代的敌人总部，由于邪神的能量在地球上泄漏，福斯特就将泄漏点修建成了岩石城堡，用于做生化实验。
克兰西（Clancy）（クランシィ）
福斯特的部下，有心机，中途掌握时机背叛，掌握邪恶的力量后成为最终boss。
生化危机（Biohazard）（バイオ·ハザード）
福斯特的邪恶计划，使用从亚空间泄漏的生命能源改造生物，使成为强大的*人武器。
人工生命体（BIO-NOID）（バイオノイド）
用亚空间泄漏的生命能源改造后的生物，可以有类人的、不像人的、部分机械的形态，3代中的各大boss，及新出现的杂兵面孔大都是人工生命体。
生命能源（Life Energy）（生命エネルギー）
邪神战败后泄漏的能量，从亚空间泄露到地球上，虽然有着比较美好的名字，但其实这股能量是邪恶的力量。
亚空间（the subspace）（亞空間）
宇宙中混乱的空间，偶尔会形成空间与空间之间的通道，在2代中阿修塔尔试图开启的连接黄泉一族和地球的黑暗之门就是一种亚空间之路。3代中，邪神泄漏的能量同样从亚空间来到地球。龙和克兰西决战的地点也在亚空间中。
空间战舰（dimensional warship）（次元戰艦）
邪神的生命能源在地球上的泄漏点，表面看是一座遗迹，其实是太古时代降落地球的空间战舰，拥有轻松夷平城市的威力，龙最终在战舰中突破重重封锁，击败始作俑者克兰西。
