1.原作者不同
《工作细胞BLACK》和《工作细胞》的漫画原作并不是同一个作者，《工作细胞》的原作者是清水茜，而《工作细胞BLACK》可以说是一个衍生系列中的一员，作画的是初嘉屋一生，原作的是原田重光，是不同的漫画系列，因此故事是不同的。顺带一提，《工作细胞》有一个系列，《工作细胞BLACK》应该是这个系列衍生作品中反差比较大一类。
2.制作公司不同
《工作细胞》的制作公司是David Production，也就是做《炎炎消防队》和《JOJO的奇妙冒险》的那家。《工作细胞BLACK》的制作公司是LIDENFILMS是做了前些年的新番《寄宿学校的茱丽叶》的公司，比较新的公司。因此画面风格，还是有些明显的区别的。
3.画风略有不同
《工作细胞BLACK》的制作公司和《工作细胞》不同，作画人员也不同，人设风格也不一样，《工作细胞BLACK》会显得线条更粗犷一些，女孩子的眼睛也是长条形的；《工作细胞》的女孩子眼睛画法是偏圆的，突出可爱的感觉，线条也会更加细腻；而色彩方面，《工作细胞》的画面会显得明亮活泼，《工作细胞BLACK》突出一种压抑的氛围，因此画面会暗一些。
4.所在的身体不同
《工作细胞》所在的主人公的身体就是传统的健康的身体，虽然也会遭遇一些外伤或者内部的细菌感染，但不会因为连环的问题而不断加重情况。但《工作细胞BLACK》描绘的身体却是一个亚健康的身体，身体状况很糟糕，而且会因为一个问题连续引发的多种问题而导致整个身体面临更大的问题，可以说是恶性循环的身体，因此《工作细胞BLACK》的主人公会觉得无论怎么工作，都没有改善。
5.故事风格略微不同
两部作品既然本身就不是一个故事，那么故事风格也有差异也是理所当然，不过个人觉得因为世界观一样的关系，实际上的差距比想象的要小一些？只能说《工作细胞BLACK》发生的负面感情会明显多一些，你很难在《工作细胞BLACK》中找到令人觉得可爱、幸福的场面，可能后期不会少了感动吧，但至少没有《工作细胞》中那么多日常、卖萌的场面，本身就是为了区分的关系，不然也不会做两部作品。
