2028年，摩登将军发动军事政变，对毫无戒备的正规军发动了全球性攻击。面对摩登军突如其来的进攻，正规军被打得节节败退。摩登将军原本是前海军陆战队上将，德高望重，但是，由于中央公园爆炸事件，摩登失去了自己心爱的妻子和儿子。他意识到，这一切是因为正规军决策失误导致的，开始变得疯狂起来，摩登联合多方势力组建叛军，立誓要向正规军复仇，推翻他们腐朽的政权，进而统治世界。
摩登将军
正规军的情报部门得知消息后立刻向政府高层反映了问题，却遭到无视，不仅如此，腐败的高层还把情报部门的军队直接遣散，导致摩登的部队轻松接管了全球各大城镇要塞。
这时，一小支残存的正规军组成了抵抗者小队，他们在一个隐秘的工厂秘密研制SV-001型钢铁蛞蝓战车，希望借此夺回失去的一切。
钢铁蛞蝓在游戏中经常可见
但是，工厂的坐标很快被摩登部队侦测到。摩登随即派遣部队开进了工厂，击败了抵抗小队，正在研发的钢铁蛞蝓战车也落入了摩登的手中。有了强大武器的加持，自信满满的摩登宣布，世界主要城市将在170小时之内划入自己的版图。
面对恶劣的局势，游隼特种部队迅速集结剩余的正规军，希望通过突击行动，夺回甚至销毁钢铁蛞蝓战车，防止摩登军使用。马可·罗西和塔玛·罗文受命进入前线作战。
马可和塔玛
马可是一个意大利裔的美国人，平时喜欢计算机科学，在完成了军事学院的学业后，成为了游隼特种部队的一员。塔玛是一位杰出军人的儿子，曾就读于特种部队训练学校，毕业后他加入了游隼队，在一次营救总统的特殊任务里认识了马可。
他们第一个任务地点是维伦纽夫山区，这里曾是当地水灾多发地区，也是空中炮舰Tetsuyuki的坠毁区域。Tetsuyuki原本是由叛军制造的770型轰炸机，坠毁后，被当地叛军加固，充当临时基地。
空中炮舰Tetsuyuki
马可和塔玛的战斗能力是出乎所有人意料的，他们不仅夺回了“钢铁蛞蝓”，还设法击败了Tetsuyuki。
他们下一个目标点是朗伯斯堡市，这里是由叛军建立的大城市，拥有众多的武器工厂、铁路要塞和机场。游隼小队得知这里是摩登部队的战略要地，下令让马可和塔玛摧毁这里的军事设施。尽管，摩登的反叛军部署了伪装炮台——迷你巴塔，但是不足以阻止拥有丰富作战经验的马可和塔玛。
迷你巴塔
很快，朗伯斯堡市被游隼队的突袭行动摧毁，气急败坏的摩登将军决定亲自处理马可和塔玛，他登上重型轰炸机与游隼队交火，但是马可和塔玛的实力超乎了摩登的想象。摩登的重型轰炸机被击落后，眼看将军即将被俘，这时一架叛军的EACA-B呼啸而过，在混乱之中救下了摩登。
摩登被救走
沿着朗伯斯堡市的铁路，马可和塔玛来到白雪覆盖的卡塞赫特河谷。这里是反叛军的重要军工厂，也是摩登最信赖的手下艾伦·奥尼尔镇守的区域。即便如此，游隼小队还是顺利的战胜了他。艾伦被击败后，反叛军派出了一辆巨型的自行火炮“塔尼欧”来阻止游隼小队，因为这是台实验性质的原型坦克，所以很快就被马可和塔玛销毁。
自行火炮“塔尼欧”
游隼小队沿着256号山脊向格哈特市进发，不料，在死亡谷遇上了反叛军的围堵，在山谷的尽头，两台巨型坦克Shoe和Karn挡住了马可和塔玛的去路。虽然，Shoe和Karn的进攻颇具威胁，但是借助了“钢铁蛞蝓”，游隼小队仍旧顺利的完成了突围。
Shoe和Karn
来到格哈特市后，马可和塔玛遇上了反叛军更为猛烈的进攻，反叛军重重设防，但仍然阻止不了游隼小队。除了面对无数的守军，还有一台多功能战车“钢铁诺卡纳”也加入到了战斗中。这是一种改良的巨型装甲卡车。顶部有一个大炮和火箭炮塔，底部有一个隐藏的火焰喷射器。为了弥补后方火力不足的问题，战车后部还搭载了一台吉里达O型坦克。但是，即使是“钢铁诺卡纳”，也阻挡不了马可和塔玛前进的脚步。
钢铁诺卡纳
冒着枪林弹雨，游隼小队终于来到了最终的目标点——纪念之海，这是进入摩登藏身处的主要途径。马可和塔玛在通过跨海大桥的时候，摩登将军突然出现，用火箭筒炸毁了大桥，二人先后坠海，不过正规军的一艘老式潜艇及时出现，避免了马可和塔玛的溺水并将二人送到纪念之海的对岸——Traven海峡。
经过了一系列的战斗，马可和塔玛终于来到了摩登将军藏身的机库前，与这位反叛军的最高统帅开始了最后的战斗，摩登将军也登上武装直升机对游隼小队进行还击。最终，纵使摩登火力全开，还是无法招架马可和塔玛迅猛的攻势，从飞机上跌落下来。
与boss的最终对决
凭借马可和塔玛出色的表现，摩登被捕。第一次摩登战争也落下了帷幕，世界只留下战后的破败与绝望。
不久之后，摩登成功逃脱，偶然看见反叛军的信件后陷入了沉思……
落魄的摩登
