在三周目中，小智开始了他在绿宝石世界的新冒险。他遇到了新的口袋妖怪伙伴，探索了全新的地区，并且挑战了更强大的训练师。
然而，一个神秘的组织突然出现，他们试图利用口袋妖怪的力量来实现邪恶的目的。
小智必须与他的伙伴们一起，阻止这个邪恶计划并保护口袋妖怪的和平。
在艰难的战斗中，小智和他的口袋妖怪伙伴们展现出了无与伦比的团结和勇气，最终他们成功击败了邪恶组织，守护了整个世界的和平。
在口袋妖怪绿宝石小智版的三周目剧情中，玩家将再次踏上前往草丛新世界的冒险之旅。在这个新的冒险中，玩家将重新挑战各地道馆，收集不同种类的口袋妖怪并与其他训练师展开激烈对战。
随着剧情的发展，玩家将不断解锁新的地区和故事情节，最终挑战冠军并成为口袋妖怪大师。
同时，玩家还将面临来自队友和反派势力的挑战，为了守护和平而展开激烈的战斗。
