仙剑三的剧情发生在仙剑一50年之前，与仙剑一并没有直接的联系。
仙剑三一共有7位主角，其中3位与仙剑一有一些联系。 男一号是李逍遥父亲的师父：景天，连李逍遥父亲的名字“李三思”，都是景天取的。 男二号则是赵灵儿娘亲的父亲的转世，也就是赵灵儿的外公（姥爷）的转世：徐长卿。
女三号却是赵灵儿母亲的母亲，即赵灵儿的外婆（姥姥）：紫萱。 这里的姥姥并非是仙剑一里赵灵儿的姥姥，仙剑一里郑佩佩饰演的那位“姥姥”只是一名年老的侍女，赵灵儿出于尊重才叫她姥姥的。 除此之外，基本上和仙剑一没有关系了。
仙剑奇侠传1和后来出品的仙剑奇侠传3都是上海软星出品的仙侠类游戏。二者之间的关系在于以下几点。
一是仙剑一和仙剑三都出现过蜀山派，后来仙剑一的掌门剑圣还在仙剑三外传里出现过。
二是仙剑一主角李逍遥的父亲的飞龙探云手应该传承自景天
