萨尔温江流域，受热带季风气候影响，气候受地形及大气环流影响，气候比较复杂。
上游地处“世界屋脊”青藏高原，气候高寒，冰雪期长；下游地势较低，受西南海洋季风影响，炎热多雨，中游山高谷深，垂直气候，变化更为复杂。年平均气温南北相差悬殊，由北向南呈递增趋势，西藏那曲年平均气温为－1.9℃，而云南碧江约9－10℃，泸水14~15℃，潞西以F约21～25℃ 伊洛瓦底江流域分属亚热带和热带雨林气候带，全年分为3季：3－5月为暑季、6～10月为雨季、11～12月为凉季。1月份气候最低，平均20～25℃；4月份最热，平均25－30℃ 所以，总的来说萨尔温江流域北部冬季会受到南下的寒流影响气温会比伊洛瓦底江北部要低一些，夏季的气温两者都差不多
