穿行于人妖两界的阴阳师晴明，因与一众妖怪缔结契约，酿成大祸，深陷危机。而与此同时，妖皇势力正卷土重来，一场恶战一触即发。在风云突变、局势动荡的危急时刻，晴明恍然发现，自己人妖混血的身份，竟是这一切灾祸的关键......
晴明串起电影的整条故事线，半人半妖的他从小就受人非议，靠青梅竹马百旎的呵护维持着心中的正义，后因被误会偷盗鳞石被所在的阴阳寮逐出，和与他同样无处可去的妖怪缔结侍神令，小侍神们与晴明共同生活在晴明的庭院中，七年后鳞石失窃又阴差阳错地落到了他手上，百旎因此追到他的住所，两人却解开了当年的误会，这部电影丰富的情感有一大半就源于晴明“人”“妖”双重身份。
《侍神令》讲述了半人半妖血统的晴明，原来在阴阳寮当中，作为一名阴阳师学习着，并且认识了对自己很好的慈沐师兄和感情颇深的百旎。
百旎与晴明立下了阴阳师的契约，立誓不会成为恶妖，但是半人半妖血统的他始终成为许多阴阳师眼里的异类，怪物，于是在慈沐慢慢被妖力所折服。
招雪女作为自己的式神后，他想要将阴阳寮守护的原属于恶妖相柳的灵石据为己有，却不料被晴明发现，就假意被雪女设计弄死，没想到阴阳寮上下却将晴明作为元凶处理 。
晴明逃到妖域，收养许多被排挤的小妖作为自己的式神，在灵石被雪女设计用鸦天狗抢走的时候，未料被镰鼬（晴明的式神）抢走，晴明再次被卷入其中，而百旎也因此前往抢夺。
最后，晴明与相柳立下契约，与之成为式神的关系，降服相柳，但是从此绝情绝爱，与百旎、自己的式神们离开，一夜白发，前往妖域。
