1、意思不同：
启航：仅仅指第一次航行。
起航：指日常的开始航行、频繁起航，多次航行。
2、词性不同：
启航：在语句中，通常用作副词使用。
起航：在语句中，通常用作动词使用。
3、用途不同。
启航：一般在轮船、客气、火车上回用到这个词。
起航：仅限于在飞机上形容这个词。
通用的， 没什么区别。
推荐写作“启航”。“起航”是异形词，不推荐使用（可以参考国家发布的异形词整理表）。另外，首次航行叫“首航”。启航和起航，没有什么区别，可以通用。用于车、船、飞机开始上路意思，二者可以互用。例如： [启程]起程，上路；---见《现代汉语词典》889页 [启运]起运，；---见《现代汉语词典》889页 [起程]上路，行程开始；；---见《现代汉语词典》891页 [起航]轮船出发，；---见《现代汉语词典》891页 但是，有的地方不通用： 例如； [起跑][起步]，不能写为：启跑，启步。
