本作的积木船模式与世界地图相比系列前作又有所不同。这次可以开着积木船在不同宙域的“星之大海”自由探索了。
每个宙域都具有数个传送点，三个宝藏卫星和三个星座。想要去的地方，比如某世界、传送点或卫星，可以用方键标记。此外每个宙域还有数个战斗点，大量的道具和宝藏以及钱，收集起来还是挺*时间的。
游戏中玩家可以自由打造积木船，打造积木船需要先收集积木，并且每个积木都有自己的 Cost 值，拼造过程不能超过数值上限。此次积木船采用了等级系统，随着等级提升，玩家的 Cost 值也会上升，并且会解锁可以使用子机的能力等。
积木船的基础能力值分为 6 类：按下图逆时针顺序分别对应，HP，速度，翻滚躲避速度，转向力，每一发攻击的基础攻击力，当前积木综合总攻击力。
积木船的积木类型按基础可以分 4 大类，拼装时不可以超过右上角的总 Cost 值。
游戏中存在一类特殊的积木船设计图，获得后可以无视 Cost 直接出击。
在可以使用子机后，积木船总能力等于主机 子机。
在出战前还可以自行选择特殊武器，不同特殊武器效果完全不同，充能时间也不一样。
积木船的搭建中，除特殊积木设计图外，一般的设计图与自定义设计图均不可以超过玩家当前的 Cost 值（Cost 会随着积木船升级而提升）。每一个设计图里，必须至少有一个驾驶舱积木，积木之间并不一定非要连在一起。
基础积木：主要影响血量，部分积木会影响「翻滚值」。
武器积木：武器积木的总攻击力会体现在「攻击力值」上。
移动积木：主要影响速度与「翻滚值」，其中大部分还可能会降低武器威力。
特殊积木：影响什么的都有。
射击型武器积木：只要按下射击就会自动持续攻击的积木，其中最下方的两种积木会自动锁定附近的敌人射击。
镭射型武器积木：按住攻击键的时候会锁定附近的敌人，看到锁定标记后松开攻击就会发动镭射攻击。最后一个白色的武器会优先锁定血量较高的敌人。
强击型武器积木：必须消耗冲刺槽才能对正面发动冲击波攻击的武器积木。其中一些积木可以提升主机的威力并让碰到积木船的敌人受伤。
驾驶舱积木：每个设计图至少要有一个，主要增加血量和威力，但是普遍减少速度等。
盾牌类积木：前两个会降低受到的伤害，可以装多个。后两个会在战斗开始时生成带有 HP 的防护罩，也可以装多个。
后两类积木中一般都是同时影响多个数值的积木，其中有三个像雷达的积木可以让玩家看到大型无心的血量。
贴纸功能：游戏中可以获得大量的积木船用贴纸，贴纸最多可以设置 8 个，可以重复贴在一个位置。
积木颜色调整与材质变化：可以自由调整任意积木的颜色或材质（部分积木的颜色和材质不能改变），可以一个一个改，也可以直接改变一类积木的材质。
技能设定：随着等级提升会习得越来越多的技能，从影响基础数值到强化武器威力，产生特殊效果的技能，种类很多。技能的 AP 总数不能超过最大 AP 值，技能可以装备多个。
值得一提的是图中这个技能，虽然会让玩家可以携带的子机数量减少，但是会增加积木船总 Cost 值，适用于想要灵活使用所有 Cost 的玩家（因为子机 Cost 有限，有时候有些武器无法装备给子机来发挥。另外就是游戏中有些 BOSS 需要积木船的总速度足够快，用这个方式也比较好实现）。
自由编辑：可以自由的挪动，复制或删掉已经安装的积木。
子机的编辑：除了不一定非要装备驾驶舱积木，可以搭建的体积和可用 Cost 更少，不能设置技能外，和主机的规则没有什么区别。子机的数值能力会直接在出战时和主机的数值加在一起计算。
