只狼讲述了一个“关于”不死的故事，而这个“不死”的源头来自一座源之宫里的樱龙。樱龙由于负伤，从遥远的西方来到了平安时代的日本，一个富含矿产却饱受战争的丰饶之地“苇名”。
樱龙拥有让人长生不死的不朽之力“龙胤”，但是这种力量是有着严重的副作用的，拥有者会吸收周围的人的生命力量使其患上一众疾病“龙咳”。患上“龙咳”的人被吸收的生命之力会不断传回到樱龙的身上，来治疗它的伤口。
然而为了得到这种不死的神力，仍然有人铤而走险，他们在樱龙栖身的地方修建了宫殿源之宫，这座宫殿是苇名的水源地，有着一片巨大的湖泊，神奇的樱龙之力倾泻到了湖中。
但居住在这里的人们，渐渐开始失去正常人该有的行为，男性变成匍匐前行的鱿鱼状人形，见人就会吸取他们的生命来延续自己。女性则变的脖子修长，视力奇好，她们创造了近战飘逸而远战极其精准的战斗技术，并且拥有了雷电的力量。甚至当地的狼都能口吐雷电。这些畸形的不死人被称作“淤加美人”。
淤加美人展开对人类的进攻，渴求统治整个苇名。但人类依靠着毒刀“绣丸”成功击退他们，并永久的封印了源之宫。
不死的力量实在是太过诱人了，在烟雾笼罩的苇名，因为战争的侵袭，苇名人希望永远守护自己的国家，试图寻找完美驾驭这种力量的办法，从仙峰寺的和尚到苇名的主宰者。而这也是只狼故事的开始。
二十年前，苇名本地人中出现了一位英杰。
他叫做苇名一心，是位剑术强大的武士。他带领着四位伙伴向内府发动了旨在争夺苇名统治权的“盗国之战”。在战争中，苇名一心成功讨取敌方大将田村，率众赢得了盗国之战的胜利（片头CG动画展示）。在这个豪情万丈，波澜壮阔的时间段，源之宫的龙胤契约者巴来到了这篇战场上，为了斩断第一代龙胤拥有者丈身上的龙胤，巴来到苇名寻找不死斩。
战争结束后，巴成功斩断了不死，让丈从永久的痛苦中解脱出来，但自己也因此死去。然而故事仍没有结束，丈的龙胤还是传流了下去，来到只狼的主人平田九郎身上。究竟如何斩断“龙胤”，成为了只狼的故事主线。
在这片有着洁白芦苇荡的土地上，曾经的武士斩破黑暗，却流落成一个个孤魂，为了国家之名，研究不死、背负痛苦、背叛亲人。忠诚的守护、故技重施的狡诈、生与死的羁绊就如同碎片化故事的只狼一般，在这个土地上一一展开。
只狼中的武器也有着相当浓重的文化涵义，比如樱龙手中的“七支刀”，正是日本的国宝。
而《只狼》中最具特色的设计莫过于忍义手了，忍义手的设计既呼应了游戏的名称《只狼》，又丰富了游戏中忍者的武器系统。《只狼》中的忍具共有10种，分别是手里剑、机关斧、机关长枪、锈丸、机关伞、爆竹、吹火筒、雾鸦、口哨以及神隐。这些都极大的丰富了在只狼中的忍者文化。
最后就是主角狼的楔丸，在交给狼的时候，卿子对狼说“即使必须*戮，也不可舍弃仅存的慈悲之心”。在游戏中这把刀饱经风霜，一次次的斩落敌人，一次次的附魔火炼，仍然坚韧如初。这也代表了狼的秉性，但其素朴的外表仍隐含了*戮之下的一颗温柔心。
只狼一共有四种结局
1、修罗---龙胤之力在当世延续下去。
只狼堕落为修罗，利用九郎给予的生死契约，拥有不死之力，反复*戮不得终了。
2、断绝不死---九郎自尽，让龙胤之力消失。--这是当年丈的选择。
3、回复常人---狼自尽，让九郎变回普通人。--这是当年巴的选择。
上面这两种选择虽然九郎和只狼解除了不死的诅咒，对两人来说解脱。但龙胤之力仍在、源之宫仍在。龙胤之力只是在两人身上消失，但还回再次出现。内府或其他有野心的势力仍然会利用变若水继续追寻不死---龙胤之力在当世消失，但龙胤的轮回仍在。
4、龙之归乡——剥离龙胤之力，封印到变若之子体内，再与她一起前往西方，归还龙胤，彻底解决苇名国的不死诅咒。--这是当年仙峰上人的选择。
米娘将九郎之魂装入怀中，去往西方龙之故乡，希望归还龙胤之力。这个结局是最玄幻同时也是最值得思索的。
第四种结局是只狼的官方的完美结局，同时也是开启下一部最合理的结局。但究竟是堕身修罗，还是了断自我、斩断羁绊这一切的选择都在玩家的手上。
