至高指令妹妹和男主在一起了吗（至高指令哪集妹妹杀了男主）

未知
因为至高指令妹妹和男主是否在一起是一个虚构的情节，没有确凿的证据来证明他们是否在一起。
同时，这个问题也涉及到原著小说和动画作品的剧情走向，需要进一步观察剧情发展才能得出结论。
从另一个角度看，至高指令妹妹和男主的感情是否有进展，其实不是最重要的事情。
更重要的是，他们如何通过彼此的存在，在成长过程中获得力量和勇气，成为更好的自己。
这也是整个故事想要表达的核心意义。