《十三太保之风云再起》的大结局可谓扣人心弦，充满了戏剧性的转折。
在最后的决战中，孝与康在落马坡展开了一场生死较量，直和存龙等人也纷纷加入战斗，最终成功击*了康。然而，这场胜利并未带来宁静，云萝在喜见孝归后，却不幸在逃离过程中误中流箭，死在了孝的怀里。孝悲痛欲绝，决定葬妻后出家为僧，寻求内心的平静与解脱。
与此同时，存受的身份揭晓，他原来是当今的太子。他向孝揭示了克的阴谋，包括克计划毒*众太保、*害孝的义父和玲珑等人。孝听后愤怒不已，赶回晋王府质问克。在激烈的交锋中，克坦承亲生子是邪真，而嗣源不过是他利用的棋子。嗣源在临死前证实了存受所言属实，使孝对克的罪行有了更深刻的认识。
克眼见大势已去，便捉住云萝逼退孝。然而，在孝的坚决反击下，克最终被孝逼至塔边回廊。此时，邪真误以为是孝，放箭射*了克。在一场混战中，直赶到现场，与兵士展开了激战。最终，孝抱着已死的云萝从塔上跳下，三人骑马成功摆脱了追兵。
这场大结局不仅展现了孝与康之间的恩怨纠葛，也揭示了克与存受之间的权力斗争。在激烈的战斗和复杂的情感交织中，各个人物的命运走向了不同的终点。孝选择了出家为僧，寻求内心的宁静；而直则与阿檀结为夫妇，选择了隐居市井，远离江湖纷争。整个故事以大悲大喜的方式收尾，给观众留下了深刻的印象。
