病毒是口袋妖怪在培育过程中出现的一种特殊的状态，处于口袋妖怪病毒状态的精灵通过战斗获得的努力值翻倍。
每场战斗结束后，身上的每只怪兽各有3/65536的几率感染口袋妖怪病毒。
如果一只精灵已经处于口袋妖怪病毒状态，战斗结束后有1/3的几率将口袋病毒传染给队伍中与它前后相邻的怪兽。
蛋与普通怪兽一样会感染口袋妖怪病毒。
口袋妖怪病毒持续1到4天，在感染病毒后的4天内的凌晨0点时解除。
解除口袋妖怪病毒的精灵将出现免疫，原本努力值翻倍的效果依然存在，但不会再次出现口袋妖怪病毒，也不会传染给其它精灵。
闪光精灵等能力和普通精灵相比是一样的，只不过比普通精灵要有收藏的价值。
