漫画《新世纪福音战士》改编自GAINAX、龙之子工作室共同制作的同名动画，由贞本义行于《月刊少年Ace》1995年2月号—2007年12月号连载，并于2009年3月移籍至《Young Ace》上于Vol.1—2013年7月号连载。
繁体中文版前6卷由台湾东贩发行，之后由于版权问题而由台湾角川代理并将前6卷的版权收回，简体中文版由天闻角川发行。
故事内容
一场毁灭人类的灾难来袭，地球面临最后的危机，几位少年驾驶着EVA战机，开始拯救人类……
第1卷
公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但全部失败。就连威力最大的N2炸弹，也只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父呼唤至第三新东京市地下的 NERV 本部。面对许久不见的儿子，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定……
第2卷
面对冷漠的父子态度，美里提出要与真嗣同住的要求，并且对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口……在没有受过特殊训练的情况下，真嗣与EVA达成同步并和使徒作战。因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后，为保护同学，冒险作出了一个决定……
第3卷
绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲源堂交谈，于是对丽产生了兴趣。
第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击……
第4卷
新的使徒来袭，真嗣和明日香奉命出击，却因为默契太差而被打得落花流水。为此，美里提出了一套作战方式，要求两人必须住在同一所房子里，从而培养出绝佳的默契。通过培训，真嗣看到了明日香的另一面，也改变了对她的看法！
第5卷
在母亲的忌日，一心一意想要得到父亲认同的真嗣，却因为父亲冷淡的话语，受到了沉重的打击。接着，在击败第七使徒的那一天，真嗣在NERV的基地内，看到了第一使徒“亚当”！人类补完计划这个巨大沉重的计划，将这群不知情的少男少女卷入其中，然后一步步地朝着目标迈进……
第6卷
EVA三号机的测试驾驶员——第四适任者决定由真嗣的朋友铃原冬二来担任，而条件是治疗他妹妹的病。但是，在启动试验开始时却出现了状况，真嗣他们被命令紧急出动，然而攻击的目标竟然是冬二的三号机！
第7卷
继冬二事件后，心灰意冷的真嗣决定离开NERV，加持却在此时用自己的经历教育真嗣、并使他重新振作起来。而在与使徒的新一轮战斗中，初号机却在紧要关头停止活动，众人正在绝望之际，初号机突然启动，还开始吸收使徒！最后，完全暴走的初号机，甚至吸收了真嗣！
第8卷
被初号机吸收的真嗣，在母亲温柔声音的鼓励下终于得以生还。而加持因为营救被绑架的冬月，被不知名人士*死，美里非常痛苦，最后终于在加持的遗言声中重新振作，决定向真相继续迈进！
第9卷
第五适任者——渚薰出现在沮丧的真嗣面前，但真嗣总觉得他给人的感觉和凌波丽是一样的。使徒来袭，这次的使徒竟然对明日香进行精神攻击！虽然丽使用“朗基努斯之枪”消灭了使徒，但明日香的心灵已经崩溃……
第10卷
因为使徒的攻击，反而让丽明白到自己对于真嗣的那份真心。为了阻止使徒袭击初号机，丽选择与座机一起自爆！赤木律子被送到SEELE接受审讯，却发现自己不过是代替零去接受审问，内心大受打击，决定背叛碇源堂！
第11卷
为阻止第三次冲击的发生，真嗣前去追击渚薰，而渚薰来到“亚当”面前，才发现那原来是“莉莉丝”，于是他终于明白一切，决定死在真嗣的手里……另一方面，SEELE派遣战略自卫队展开了武力攻击，包括真嗣在内的EVA驾驶员们，生命受到重大威胁！
第12卷
在战略自卫队强大的火力之下，NERV总部受到前所未有的重大伤亡。为了保护仍处在崩溃状态的明日香，美里命令队员把她放进贰号机，没想到反而使明日香清醒过来，并火速回复到战斗状态。另一方面，被美里以生命守护的真嗣，决定回到初号机中，与明日香共同战斗!
第13卷
明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之枪”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的丽融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到丽的拒绝。最终，丽走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使完全形态的“莉莉丝”最终苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。
第14卷
时时挂念着母亲的真嗣，却怎么也想不起母亲当年说的一句话……
与夜妖融合的丽，以超乎想像的形态出现在众人面前……
碇氏夫妇的真正想法究竟为何？第三次冲击的真相又是……
