新病毒的诞生
非洲研究中心正在兴建的时候，斯宾塞也开始着手在其他地区建立研究机构。其中最重要的研究机构就是位于法国巴黎的欧洲研究中心和位于美国中部阿克雷山区（Arklay Mountain Area）的阿克雷研究所（Arklay Research Factory）。始祖病毒最早的研究成果就是在这个两个区域诞生的。随着研究的深入，始祖病毒及其变异体开始越来越丰富，而国际生化危机的出现也越来越多样化和不可控化。
始祖病毒的研究最早是用于对生物进化的研究之中。阿克雷研究所建立完成之前，在欧洲，爱德华和马库斯分别在昆虫类、两栖类和哺乳类动物身上。实验结果发现，这些生物虽然因为各自DNA不同所造成的变异也不同，但是他们都出现了体型巨大、食欲增长的情况。但是，从生物进化的角度上讲，这样的生物很难称之为进化。马库斯对这样的研究结果根本不满足，于是提出要在人类身上进行病毒实验的建议。
1967年，阿克雷研究所建立完成，马库斯被调任至阿克雷研究所附近的干部培训所担任所长，并兼任阿克雷研究所研究主任一职。出于对阿克雷研究所所有机密的保密考虑，在斯宾塞的授意下，马库斯将两种始祖病毒的初级变异体注射到了阿克雷研究所的设计者——乔治·特列沃（George Travor）的妻子杰西卡（Jessica）和女儿莉莎（Lisa）体内。杰西卡体内的变异体并没有对杰西卡产生什么其他影响，却使杰西卡经常出现意识模糊和记忆不清的情况，这个结果并不为人满意，因此杰西卡被安乐死；而女儿莉莎所注射的始祖β变异体产生出了融合迹象，因此被锁在了实验区域，开始了长达十几年的各种生化实验。
特列沃一家的悲剧是始祖病毒研究走入人类的开始，也为整个始祖病毒的研究打下了邪恶和不人道的注脚。值得一提的是，马库斯推开了人体实验这一恶魔之门后，变得麻木不仁。他利用职务之便，擅自将干部培训所内的学员当做了实验体进行实验，也因此遭到了公司上层的排挤，影响力不断下降。这也为后来马库斯的人生悲剧埋下了伏笔。当然这是后话。
马库斯在对莉莎（日后被称为“女性实验体”）的研究当中，意识到始祖病毒研究的最大问题在于稳定性，因此马库斯将病毒的稳定性和增强可塑造性作为其研究工作的重点。在经过长期研究和仔细选择之后，马库斯选择将始祖病毒与水蛭基因相结合。马库斯认为，水蛭对环境的耐受力和适应力都是很强的，因此水蛭基因一定能够强化始祖病毒对环境的适应性，从而提升始祖病毒的稳定能力。
1977年8月，马库斯将始祖病毒与水蛭基因的融合实验取得了相当大的成果，始祖病毒的二次变种研制成功并达到了预期目的。与之前的始祖病毒不同的是，这次的变种将原先漫长的融合过程大大的加快，并且使宿主狂暴化。马库斯因此将这个变种命名为“暴君病毒”（Tyrant Virus），简称“T病毒”。
1978年2月，马库斯之前曾私自使用公司学员做为人体实验样本的秘密被安布雷拉公司董事会得知，马库斯便因此被公司扫地出门，原先他所在的干部培养所也被撤除，所有研究资料以及数据都被转移到了阿克雷研究所，马库斯的两个学生，威廉·柏金和阿尔伯特·威斯克则成为了研究所的主任研究员。
由于之前爱德华·阿什福德的意外死亡，此时的斯宾塞在安布雷拉内部可谓是大权独握，被权力冲昏头脑的斯宾塞觉得马库斯的存在无异于一颗定时炸弹。于是在1988年的某一天，他派遣手下威廉·柏金，和当时已经成为浣熊市警察局卧底的阿尔伯特·威斯克一起，将马库斯秘密*死在他的家中，并弃尸下水道。
但是他们不知道的是，作为马库斯实验样本，感染了T病毒的水蛭女王在他们走后爬进了马库斯的嘴里……
虽然马库斯的职权被停止，马库斯被调离，但是有关T病毒的相关研究却在阿克雷研究所继续进行。在威廉·布金的主导下，阿克雷研究所利用T病毒及其变种，研制出了“猎人”系列（Hunter）、海王星（Neptune）、地狱犬（Cerberus）等活体生物兵器（Bio Organic Weapon，简称“B.O.W.”）。而T病毒所研制出的最著名的B.O.W.莫过于暴君系列（Tyrant）了。
与此同时，安布雷拉法国分部正在开展一项名为“nemesis（复仇女神）”的研究计划，“nemesis”是一种通过基因改造的寄生体，它被植入大脑后能显著的强化宿主智力，但是绝大多数的生物无法承受“nemesis”的改造过程，短时间内就会死亡。威廉·柏金却在此看到了制造完美暴君的希望，在获得斯宾塞首肯后，威廉·柏金丧心病狂的将“T病毒”与“nemesis”同时注入大批实验样本体内。
实验最终以大面积实验体死亡而告终，而莉莎侥幸存活了下来，此前作为实验对象的她就已经被接种过“始祖病毒”，以至于基于“始祖病毒”开发的任何新型病毒都在在她身体里成功融合并且变异，她甚至将大脑内的“nemesis”也一并吸收，这一现象引起了威廉·柏金的注意，他提取了莉莎体内物质，从而研发了一种新的病毒“G病毒”。
1998年，已经死亡十年之久的马库斯借由“T病毒”和水蛭女王的寄生，以年轻时的形态得以复活，并发誓一定要狠狠报复安布雷拉。
他首先破坏了阿克雷研究所和浣熊市地下研究所的部分设施，造成了病毒泄露事故，无数的工作人员以及实验生物惨遭感染，一批B.O.W（Bio Organic Weapon有机生化兵器）地狱犬从阿克雷研究所所处的洋馆从逃出，在短时间内袭击并*死数名市民和游客。
原本看似平静的阿克雷山区便笼罩在一片疑云之下，《生化危机0》和《生化危机1》的故事由此展开。
