斯宾塞死了、阿尔伯特·威斯克死了、艾克塞拉死了，保护伞公司完全*、制药联合会中的敌人也被肃清。一切仿佛都在BSAA的努力下走上了正轨。但这一切不过是表面上的平静。潜伏在主角身边的敌人，即将展开对主角们的致命一击。
《生化危机》全系列故事剧情：
间谍：尼尔·费雪的潜伏
在克里斯加入BSAA与阿尔伯特·威斯克等反派们厮*时，他的妹妹克莱尔则加入了一个非政府公益组织：TerraSave。
TerraSave的主要功能是在生物恐怖主义和医疗相关事件期间通过供应物资和人力提供援助。在FBC解散后，尼尔·费雪加入了TerraSave。
尼尔·费雪无法忘记曾经在FBC的日子，这个为了对抗在市场上出现的生化兵器，以及对抗实施生化恐怖袭击的恐怖组织因为在泰拉格里吉亚事件中的过激表现而解散了。
尼尔·费雪并没有完全认同TerraSave，他自始至终是FBC曾经的领导摩根·朗斯戴尔的忠实拥护者，也一直在寻找复兴FBC的机会。
时间来到2011年，一个来自亚丽克丝·威斯克信息，让尼尔·费雪重新燃起了复兴FBC的希望。此时的尼尔·费雪正式成为了亚丽克丝·威斯克安插在TerraSave中的间谍。而他的任务就是为亚丽克丝寻找合适的“特殊精神状态的人类宿体。”
在经过一段时间的考察，尼尔·费雪将目光锁定在克莱尔·雷德菲尔德、莫伊拉·巴顿等队友以及曾经在泰拉格里吉亚事件自己救下的孩子娜塔莉亚·科达身上。于是，一场针对TerraSave总部的袭击即将展开。
老板：亚丽克丝·威斯克的计划
在保护伞公司全面衰落后，作为最后一名留在斯宾塞身边的“威斯克孩童”，亚丽克丝依然继续为斯宾塞工作着。
亚丽克丝被授命在索尼德·托托卡岛的研究机构内负责领导斯宾塞的一个全新生化项目，与其他的生化研究不同，亚丽克丝的研究目的是为斯宾塞从始祖病毒之中找出潜在的永生能力。
在斯宾塞看来，丽克丝是所有威斯克中最聪慧过人的，不过，这个在他口中“善于博采众长。”的女孩，最终背叛了她。
亚丽克丝并未能成功研制出永生病毒，她却将现有资源使用在了私人项目上。在2006年，她终于抛弃了斯宾塞，带走了自己的研究成果：T-恐惧病毒。
亚丽克丝不同于同样是“威斯克计划”的孩子：阿尔伯特·威斯克。在注射病毒后，由于本身患有疾病，亚丽克丝并没有成为一个超人，她只是一个普通的病毒下的幸存者。
随着时间的推移，亚丽克丝发现自己的身体逐渐被疾病削弱。长期帮助斯宾塞研究所谓“永生病毒”的亚丽克丝明白，自己恐难摆脱死到临头的命运，而生物学意义上的永生是不可能通过病毒或人体实验来实现的。
亚丽克丝于是转而进行她最后迫不得已的应对手段，将她的人类意识数字化副本传输到其他宿体身上。而这种传输的关键就是“特殊精神状态的人类宿体”。
在得到了尼尔·费雪的名单之后，亚丽克丝批准了针对TerraSave总部的袭击计划。
间谍：尼尔·费雪的行动与暴露
亚丽克丝派遣私人武装队袭击了TerraSave总部，抓走了尼尔·费雪名单上的人，并在萨比提岛进行实验。
而尼尔本人也参与了这次实验。目的是得到亚丽克丝手中的“衔尾蛇病毒”样本，以此仿效摩根·朗斯戴尔发动新一轮的生化危机，达到复兴FBC的目的。
尼尔来到萨比提岛上，利用自己的TerraSave队员身份将曾经的队友逐个击破，并通过各种丧尸的追击来测试名单中的人对于恐惧的情绪变化。
最后，尼尔来到亚丽克丝处，并告诉她已经帮她把最好的人选选出来了，娜塔莉娅因为浮岛事件，双亲死在她面前所以丧失了恐惧这个情绪，是这个实验的最佳样本。
而此时，当克莱尔与莫伊拉终于发现是尼尔背叛并参与了对TerraSave总部的袭击。为了完成自己的“重生仪式”亚丽克丝也背叛了尼尔，对他注入了衔尾蛇病毒。
尼尔就此变异，和赶到此地的克莱尔以及莫伊拉战斗。最后被由莫伊拉*死。
老板：亚丽克丝·威斯克的重生
在利用尼尔牵制住克莱尔等人后，亚丽克丝也准备好将自身的部分意识传输至娜塔莉亚·科达。
虽然主角团还是赶到了“重生仪式”的地点，但是亚丽克丝仍然完成了自己的“重生仪式”在她向主角团透露了自己的真正意图后，亚丽克丝对准自己的头部开枪自*。
然而，在饮弹自尽的瞬间，她产生了对于死亡的恐惧，正是这种恐惧触发了她体内的T-恐惧病毒并造成了她的异变。她的自*导致整座高塔设置的自毁程序被直接激活。而变异的病毒却让亚丽克丝变成了怪物。
6个月后，亚丽克丝原本打算牺牲掉的本体在病毒的作用下复活了。她用长袍与面具遮住了看上去已经变得丑陋狰狞的身体。在此期间，亚丽克丝开始对娜塔莉亚·科达产生了强烈的恨意。
复活的本体开始追*被输入亚丽克丝意识的娜塔莉亚，尽管本体成功击败了保护娜塔莉亚的巴瑞·伯顿，但是就在要下手掐死娜塔莉亚时，本体在娜塔莉亚眼中看到了“亚丽克丝的形态”。本体惊慌失措下，娜塔莉亚逃脱。
为了消灭娜塔莉亚，丧心病狂的本体为自己注入了“衔尾蛇病毒”成为了和阿尔伯特·威斯克一样的生化兵器，不过最终，克莱尔巴瑞的联手攻击下用RPG-7火箭发射器发射火箭弹命中她暴露的核心，从而一举将其歼灭。
亚丽克丝的本体死亡了，但是这并不意味着亚丽克丝计划的失败。随着亚丽克丝以娜塔莉亚·科达的身体作为自身意识的容器的事情被人们所遗忘时，在2013年夏天的某一天，娜塔莉亚却在阅读着一些存在于生化恐怖主义文著中的一些与弗兰兹·卡夫卡的作品相关的句子和词语。
喜欢弗兰兹·卡夫卡的作品，正是亚丽克丝·威斯克的特征。在意识到关于永生的实验最终取得成功时，她的嘴角泛起了不怀好意的笑容。这位斯宾塞“威斯克计划”中最优秀的孩子，终于完成了自己的永生。
间谍：卡拉·拉达梅斯的伪装
一个女人爱上有一个男人会变得多疯狂？她愿意为了这个男人变成另外一个女人；一个女人发现自己所爱的男人背叛了自己会变得多丧心病狂？她会毁了整个世界去报复这个男人。卡拉·拉达梅斯就是这样的女人。
在15岁时，拥有天才般智商的卡拉被德里克·C·西蒙斯发现，后者十分欣赏她的智慧，于是将其培养为自己属下的首席研究人员。
在多年的共同工作生活，卡拉对西蒙斯产生了一种复杂的情感，既有一种对培养的感谢，又有一种对老师的敬爱和对同事的友爱，更有对上级的忠诚和一丝令人难以发觉的好感。为报答西蒙斯的信任，卡拉愿意帮助西蒙斯实现他所想要的一切。
于是，15岁的卡拉开始了为西蒙斯长达20多年的付出，不仅为他开发出了“C病毒”，还为他变成了另一个人：艾达·王。从此真的卡拉变成了假的艾达。
本以为成为假的艾达能够获得西蒙斯的青睐，没想到这一切都在伊东尼亚的行动后发生了改变。
老板：西蒙斯的变态爱欲与秩序
从浣熊市危机开始，西蒙斯就与艾达·王相识。而求之不得的西蒙斯将这股变态的爱欲转嫁到了自己手下的科学家，15岁的卡拉身上。
利用卡拉对自己的复杂情感，西蒙斯将卡拉变成了自己爱慕的艾达·王。并利用卡拉开始了自己所谓的“守护世界秩序”的行动。
在《生化危机》的尾声中，这位美国国家安全顾问成为了世界上最大的反派。美国总统变成丧尸、高橡树市的生化危机；里昂和海伦娜的被迫逃亡；克里斯的失忆与颓废；雪莉·铂金和威斯克的儿子杰克在东欧面对生化兵器的袭击都出自他手。而这一切都是为了其所谓的“秩序”。
间谍：卡拉·拉达梅斯的行动与背叛
当卡拉知道自己仅仅是艾达·王的替代品后，作为女人的自尊心受到了极大的打击。她最大的错，就是错爱了一个根本不爱她的人——西蒙斯，或许她的感情还并未达到爱的范畴；但将近20年的忠心工作，换来的不过是背叛；多年来的好感和友情，没有换来心中所想的爱情，而是一个对真正艾达·王的替代品。
于是，在执行西蒙斯吗，命令时，卡拉开始了自己的行动。她为复仇而毁灭世界，她要让所有害她变成这样的人复仇，包括建立了现有世界秩序的西蒙斯家族和德里克·C·西蒙斯，以及那个“罪魁祸首”——艾达·王。
她为证明自己的存在而毁灭世界，既然自己在所有人眼中都只是一个替代品，那就毁灭世界的一切、以及那个真正的艾达·王，取代她，成为真正的艾达·王——一个新世界的女王。
于是，在伊东尼亚行动中，卡拉利用自己艾达·王的外表欺骗了克里斯的队伍，利用C病毒将阿尔法小队成员变成了怪物。目睹队友死亡和变异惨剧的克里斯失去记忆，在欧洲某小镇过着以酒度日的昏暗潦倒的生活。
而卡拉自己则俘获了威斯克的儿子杰克和前来保护他的雪莉·铂金，将他们囚禁在秘密实验室中。但是她并没有按照西蒙斯的指令，利用杰克的血清制作疫苗，而是强化了三支C病毒。一场来自女人的复仇即将展开。
最后的谍战大戏
里昂与搭档海莲娜·哈珀一边探索真相，一边从高橡树市*出条血路逃出生天。看着高橡树市的惨状，里昂想起了15年前的那个人间地狱，心中发誓找出真相与凶手。
在高橡树市教堂地下里昂找到了新保护伞公司的隐藏实验室，遇到海莲娜·哈珀已经变异的妹妹，在艾达·王的帮助下打败了她，而海莲娜也说出了令人震惊的真相。
原来，在高橡树市，总统意图公开浣熊市的真相，西蒙斯为了“保护世界的秩序”，而决定利用C病毒*死总统。他绑架了总统护卫之一海伦娜的妹妹，要求她配合自己的计划，于是引发了高橡树市的病毒爆发事件，造成了总统和许多平民的死亡，并以核弹将其毁灭。
得知真相的里昂坐飞机前往中国，西蒙斯发现阴谋败露也紧随其后，并带来一群手下阻击里昂和雪莉。
皮尔斯在某间酒吧找到了因为半年前失忆的克里斯，请求他归队，带领BSAA前往中国的兰祥市，去营救在那遇险的联合国官员以及消灭正在城市内肆虐的变异人类，在皮尔斯费劲周折的劝说后，克里斯终于同意归队，但记忆尚未完全恢复，不过克里斯一心想要抓到Ada，为死去的战友报仇。
在兰祥市，一场大战拉开帷幕。在航母上，克里斯发现了假艾达·王的真面目，在将其击败后破坏了海底实验室。而假·艾达王则在临死前注射了一支强化C病毒，最终被赶来的真艾达·王消灭，结束了自己悲惨的一生。
另一边，里昂和海莲娜击败了遇到了西蒙斯。而雪莉和杰克也趁乱逃出了实验室。在混战中，西蒙斯被身后出现的J'avo（鬼煞僵尸）袭击，脖子上注射了强化的C病毒，西蒙斯知道是卡拉害了自己。
最终里昂和海莲娜西蒙斯的变异体，而雪莉与杰克击败了Ustanak，克里斯也在皮尔斯变异后的帮助下破坏了海底基地，新的生化危机被解除。
写在《生化危机》全系列剧情故事的最后
至此，《生化危机》系列的全剧情已经结束，从《生化危机0》一直到《生化危机6》的剧情可谓是跌宕起伏，我个人还是非常喜欢从《生化危机0》一直到《生化危机5》的故事的。
故事越往后进行，发现卡普空的故事线越乱，到《生化危机6》时明显感觉到是为了游戏去编故事。而没有介绍的《生化危机7》则基本与主线脱离，除了最后出现的克里斯之外，感觉与主线关系并不大，因此没有介绍。
在这里面虽然最后都是主角团们击败了反派，但是并不意味着主角团们真的取得了最终胜利。
主角团中，艾达·王的身份一直是个谜，直到《生化危机6》的最后也没有明确其服务的组织，但是在整个《生化危机》系列中所有的反派公司都和她有关系；而威廉的女儿雪莉和威斯克的儿子杰克随着成长究竟会不会发生改变？毕竟这两位的父亲都不是一般人。
而在反派中亚丽克丝·威斯克的寄生体娜塔莉亚·科达也发生了变化，可以说到目前为止，虽然“威斯克计划”依然是成功的。而这些谜底不知道卡普空打算什么时候给玩家作出解答。
在最后，感谢各位一直以来对我更新的《生化危机》系列故事的喜爱，之前也有朋友留言，想看别的故事，我在这篇文章的最后做了投票，如果大家感兴趣，可以投票，我将选择投票最高的故事做介绍。
