移动迷宫之所以能吸引广大观众，关键在于其故事线充满了扣人心弦的悬疑元素。故事发端于一个表面上与自然和谐共存的空间，碧草如茵，树木掩映，宛如野趣盎然的乐园。然而这份风光并不能掩饰四周那高耸入云，坚不可摧的巨墙，这正是传说中令人胆战心惊的迷宫。
故事主人公在命运的安排下忽然降临至这个陌生境界，迎接他的是众多男孩的窥视与窃笑。他本能地试图穿越这恢宏的迷宫，但最终在触碰到那堵无情的高墙时无奈跌倒。分明人不安的是他的记忆失落，像是被抽走了人生的支撑。
他得知此地的男生们同样无法追溯自己的过往，仿佛被遗忘的幽灵一般，一页一页的堕入制作高墙密布的迷宫中，只能野性的适应于生存。迷宫的领头者向他透露自己最初踏足此地至少已是三年前的事，但即便经过喋喋不休的介绍，真正的谜底依旧是个谜。究竟他来到紧闭的巨门之后隐藏着什么秘密？
不久主角亲眼目睹两位被称作行者的男生归来，他们享有穿梭迷宫的特权，激起了主角探险的渴望。当他试图一探究竟时却遭到一名凶悍的男生的阻拦，并因挫败而怒火中烧。他质问这到底怎么了？为何总是隐瞒男后的真相？就在这时候轰隆的声响中，那巨大的门廊开始缓缓关闭，带来了无法预知的恐惧与危机。
夜色降临，主角再次听到迷宫深处传来的沉浪，而巨大的响动，他明白了这是迷宫在进行夜晚的改变。这个触目惊心的真相随之揭露，夜里的迷宫不再是人类的领域，因为那时将会出现成为怪物的生物，那些曾幸存见过怪物的人都已经丧命。
翌日清晨，队伍的领导带领主人公至墙边，那里镌刻着无数名字，有的已经模糊不见，这意味着他们的主人已经离开了人世。男主在墙上刻下了自己的标志，恍如预感着未来。接着连串诡异的事件纷至沓来。
在一次探险中男主偶遇了一位行者，他面色苍白，瞳孔扩散，失去理智的向主角发起攻击，嘶吼着这一切都是男主的错。多亏了同伴们的协助，行者被强行制服，他身上那恐怖的伤口昭示着他遭遇了怪物，并且精神崩溃，变得极端暴力。最终他只能单独面对迷宫中的命运，迷宫谜题逐渐显现。
当第三天一位行者的失踪后，领导不得不亲自进入迷宫进行探索。然而直至入口关河前，他们仍未归来。男主提出希望进行救援，这被告知一旦大门关闭，一切都将无法挽回。此时听到状况凶险的挣扎着返回，虽然昏厥不醒，但同伴们并未放弃希望。
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