拉斐尔、丽璐、赫德拉姆、李华梅是原有的主角。杏太郎、蒂雅、伍丁是威力加强版新增的主角！
加强版增加了三个剧情人物，他们每一个都有感人的剧情作为铺垫。游戏同大航海时代4一样，用7个海洋的霸者之证把游戏剧情发展开来。
佐伯.杏太郎，日本人，九州一豪族后裔，一族人被敌人袭击，父亲切腹自*。自己被追*，听天由命的坐着小船出海，遇上风暴，被马来人林.森所救，后来林有感于杏太郎遇困难而勇往直前的精神，被其坚强的决心所感染，把船送给杏太郎，并自己愿意跟随杏。杏太郎是东亚霸者之证的传人，为了全家被*的秘密，必须找寻霸者之证。
亚伯拉罕.易文.伍丁，身为阿拉伯大富翁，却坚决的要去四海闯荡。表面上是为了兴趣收集古董，实际上是为了追查自己家族的身世秘密而开始世界航海旅行。而一切的线索也在霸者之证上面。
蒂雅.瓦曼.恰斯卡，继承统治印加帝国一个地方王族血统的混血儿，受芬.布兰科提督的提拔，在美洲贸易，和敌对势力巴士科斯抢夺市场。而后来，恰斯卡将明白自己生命的责任在于祖国的复兴，这一切的希望也在于找到霸者之证。
