臭豆腐(Stinkytofu)作为我国久负盛名的传统特色小吃，因"闻起来臭，吃起来香"的味觉特点及深厚的文化底蕴而深受人们喜爱，其起源已无可考。据传已有近千年历史，因曾入宫廷而被赐"御青方"之雅号。
王致和臭豆腐，传承近千年的历史，豆腐坯经过前发酵、腌制、后期入坛发酵而成，这是它的独特之处。
另一种臭豆腐，半发酵型南方臭豆腐。南方臭豆腐的卤水是采用各种食材混合自然发酵而成，丰富的成分造就了其独特的味道。为什么臭豆腐如此受欢迎？除了其独特的口感外，更重要的是它的营养价值。臭豆腐中含有丰富的多肽、氨基酸、VB12等营养成分和异黄酮、雌马酚等活性物质。
研究还发现，雌马酚具有抗心血管疾病，预防弗里德赖希共济失调和保持细胞活性，提高细胞超氧歧化酶(SOD)抗氧化作用。但是，并不是所有人都有益，因为，世界上有两种人。雌马酚的生产者与非生产者是由肠道菌群决定的。
相传清朝康熙八年，安徽仙源县举人王致和赴京赶考，不幸名落孙山，留在北京经营豆腐铺。一日王致和因累积不少存货，打算制作豆腐乳，将豆腐切成小块，放入坛中。过几天打开坛子，发现豆腐变成青色，而且奇臭无比，不过却非常好吃，所以决定将臭豆腐乳当成商品出售。
此臭豆腐渊源及形态与现代臭豆腐不同，现代臭豆腐更相近明代以前成名的安徽毛豆腐，且据说早期的臭豆腐是由腐水浸泡入味而得。臭豆腐是一种发酵制品，把原本无味的豆腐自然发酵放在常温下发酵六个月，产生那特殊的气味。新竹食品工业发展研究所培养出数种可以制造臭豆腐的菌种，可缩短培养臭卤水发酵期为一个月，并将臭卤水发酵菌组技术转移给民间。
自然发酵的臭卤水是在水缸中放入稻草、猪肉等肉类，任由其露天自然发酵、腐败，经过几个月后就可以放入豆腐，不过这种方法非常不卫生，而且都会长蛆。
→现在有许多厂商使用发酵菌接种的方式直接培养臭卤水，不但发酵的时间短，而且安全卫生，可以大量生产。亦有以纯植物为基础天然发酵而成的卤水，是以刺桐叶、野苋菜、竹笋、菜心、冬瓜、姜、花椒等数十种蔬菜或植物加些许的盐加以腌制，让它在自然环境的室温中经长期静置八个月以上自然发酵而成。
→2003年台湾桃源县查出大量非法地下工厂加工的臭豆腐，现场苍蝇漫天，污水四溢，环境恶劣，甚至制作臭豆腐的水都是抽取肮脏的地下水。此次臭豆腐事件一度造成消费者信心危机。
→2007年大杨豹抱得在深圳十多家存在以化学染料、馊水污水，甚至粪水加工臭豆腐黑心食品而非以正常方式发酵制成。
制作方法及环境的卫生有严重问题，部分城市的臭豆腐产业亦多次被曝光其黑色加工过程。例如在臭豆腐最受欢迎的城市--长沙、武汉等，就曾多次曝出臭豆腐加工过程中使用腐肉、化工原料等熏臭含致癌物质的报道。
→臭卤浸泡分解豆腐胚蛋白质而产生的吲哚、含硫化合物、苯酚等物质有强烈挥发性臭味导致平价两极化。利用生物技术调整产品中吲哚、含硫化合物浓度、激活醇类和酯类活性，生产有花果香的臭豆腐，吸引臭味而无法接受产品的消费者，扩大潜在的消费群体。
→利用全自动食品安全检测仪和微生物检测仪参与监测，保证预加工品质，形成一整套中央厨房式的臭豆腐加工生产线，解决原有生产的不稳定性和不安全性的问题。丰富产品口味，结合食品加工科技促进臭豆腐生产加工工业化、规模化、智能化发展。
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