由于密码子的简并性，每个氨基酸至少对应1种密码子，最多有6种对应的密码子。不同物种、不同生物体的基因密码子使用存在着很大的差异。
各种生物体似乎更偏爱使用某些同义三联密码子（即编码相同氨基酸的密码子）。
在一些单细胞生物如Escherichiacoli、Saccharomycescerevisiae中，高表达的基因密码子的使用偏性一般比较大。
这些偏好可能与两个原因有关：
一是避免使用类似终止密码子的密码子；
二是这些偏好能够有效地翻译密码子，因为这些密码子对应于生物体中非常丰富的tRNA。无论导致这种偏好的原因到底是什么，不同生物的密码子使用偏性的差异可以非常大。
真实的外显子一般能反映出这些偏好，而随机选择的三联体序列却不能。
