区别如下：
一、性质不同
古代驿栈是官方组织，主要工作为迎来送往各路官差，提供食宿、换马，非盈利机构，公务员免费。
客栈则没有公务员免费待遇，更别提换马这种高成本的生意了。
二、起源时间不同
古代驿栈：殷墟出土的甲骨文被发现有（壴女）与（亻壴）字，是与传递讯息有关的文字。周朝就设有烽火台及邮驿传递军事情报。至汉朝每30里置驿，由太尉执掌。
客栈：商周先秦时期出现，逆旅、驿站、驿馆、邸站、客栈等。
驿站的配置：
驿站最重要的用途就是供往来官差休息，房间自然是少不了的，比如高邮的盂城驿，就配有100余间厅屋供来客休息。
当然，这是地理位置比较显要的驿站，小规模的驿站自然没有那么多屋子，但也绝不会缺少这个配置。至于房间内部的布置，没有太过具体的记载，不过，《马可波罗游记》里描述过元朝驿站房间的大体情况。
由于驿站的房间有可能提供给显贵暂住，所以驿丞不敢让其有失整洁，必要的时候，甚至还会好好装饰一番。
古代的驿站相当于计划经济时期的招待所。属于公家所有，为来往官差提供食宿，喂马、换马。客栈属于民营，相当于现在的旅馆或是酒店。两者之间的本质区别是：古代驿站是属于公家所有，非盈利性机构。古代客栈是属于个人所有，是盈利性的机构。
