第一格滤槽中放入白色过滤棉黑色过滤棉藤棉陶瓷环等，白棉放前面是为了观察过滤情况更直观。这个滤格如果要求简单，只放黑白滤棉也可以。
2、第二格滤槽依次放藤棉生化球陶瓷环细菌屋等，中间分别用白棉分开，这是为了便于掌握滤材的硝化细菌着床情况，有需清洁时仅冲洗白棉就可以了。
3、第三格滤槽放水泵生化球加热棒等。加热泵也可以放在格与格之间的夹缝中，这要根据底滤槽体积的大小决定。
三格底滤缸滤材一般第一格是进水格，从上至下依次可放置：滤棉—生化棉—生化球（也可以放在溢流区）—菌屋—藤面。
第二格则放置细菌屋等滤材，也可以上半珊瑚石下半细菌屋；
第三格是抽水格，可以放置抽水泵，灭菌灯，温度计，加热棒，麦饭石，火山石，沉木等。值得注意的是，加热棒最好放在底滤格之间的夹缝处。
