恐怖电影最高境界莫过于只闻其声，不见其形，人鬼难辨，好坏难分，悬念重生，结局意外。《小岛惊魂》完美地演绎了以上几点特征，成为了一部评分极高的恐怖片。
故事发生在1945年英国海峡群岛的一座庄园内，庄园住着一位母亲和两个孩子，丈夫参加二战，两年多音讯全无。电影开头是母亲在给孩子们讲创世纪，画面是一些插画，插画内容是庄园的日常生活，温馨幸福，两个孩子和母亲在一起听故事、做游戏，后面的插画越来越恐怖，最后出现小儿子惊恐的表情，为情节发展做了铺垫。
最后一张插图是庄园的房子，与现实中的房子相同。这时，女主格蕾丝从惊叫中醒来，似乎受到了严重的惊吓。外面浓雾弥漫，三个人按响门铃，说是来应聘仆人。格蕾丝说，一周前，他们家的所有仆人无声无息、又没领薪水就突然都消失了。三位中的米太太说，她以前在这座房子里做过管家，他们之前都是这房间里的佣人，对这里很熟悉。于是格蕾丝留下了三人。
最后格蕾丝强调，因为她的两个孩子对光严重过敏，见到强光就会破皮、长水泡、呼吸困难，甚至死亡。因此，只要有孩子在的地方，必须拉上窗帘，点上煤油灯，锁上房门。格蕾丝要求所有佣人谨记这几点。
吃早饭时，大女儿安问米太太以后会不会离开他们。米太太说，当然不会。安说，以前的佣人也这么说，但在母亲发过一次疯之后，就都消失了。小儿子尼克却否认母亲发过疯。
自从这三位仆人到来之后，家里经常发生一些奇怪的事情，房间里出现哭泣声，门无缘无故开闭，窗帘也会被莫名来开，楼上经常有人跑来跑去。
大女儿安说这座房子住着另外一个家庭，这个家庭有个男孩叫维特，他们经常一起聊天，一起游戏。女孩称这个家庭为不速之客。
格蕾丝极力阻止安的胡言乱语，说世界上根本没有鬼，这个房子也没有不速之客。为了寻找声音来源，格蕾丝进了储物间，发现了很多前主人留下的遗照。格蕾丝让米太太把这些东西统统扔掉，并询问米太太前主人的一些情况。米太太说，因为肺结核流行，前房屋主人搬去了伦敦，很少回来，最后就剩他们三人了。
一天夜里，房间里突然响起钢琴声，格蕾丝带着枪来到琴房。她刚打开房门，琴声戛然而止，她进房间扣上琴盖，刚离开房间，门自己关上，琴声再次响起。格蕾丝再次进来，给琴盖上了锁，离开后琴声再次响起。这次格蕾丝刚推开门，门就关上，再次推开，又关上，并狠狠地把她拍在了地上。
格蕾丝这次有些害怕，但还是不相信天主会让活人和死人生活在同一个世界。米太太劝她说，灵魂真的存在，阴阳两地，本就是同一个世界。格蕾丝还是坚持己见，要去镇里找神父。格蕾丝刚离开，园丁就问米太太，女主是否相信房子里有鬼。米太太说，还没有。园丁问什么时候可以解开迷雾，揭露真相。米太太说，等待时机。
因为雾气太大，格蕾丝在森林里迷了路，幸运地是见到了一直杳无音信的丈夫。寒暄了几句后，格蕾丝说你变了很多。丈夫说，有时我还满脸是血。回到家后，丈夫也是沉默不语，整天躺在床上，似乎战争给他带来了沉重的打击。
在饭桌上，女儿安又因为家里有鬼的事和格蕾丝发生了冲突。女孩离开餐厅，米太太安慰安说，自己也能看到不速之客，自己相信女孩所说的一切。只是她母亲不愿承认，但总有一天格蕾丝也会看到，到时候绝对出乎意料。
饭后，米太太来到园丁住的地方，园丁问她，女孩相信了吗？米太太说，女孩相信了。但格蕾丝还不信。园丁又问，她丈夫有没有察觉。米太太说，她丈夫也摸不清情况。
一天，格蕾丝给女儿安做了一套新衣服，女儿很喜欢，不愿意脱，在格蕾丝离开女儿房间后再回来，看到女儿变成了一个丑陋的老太婆，这位老太婆还长了一双白内障眼睛，眼睛里看不到一丝黑瞳孔。格蕾丝厮打着这个老太婆，要她换回自己的女儿，但当米太太进来后，老太婆又变回了女孩的模样。
格蕾丝怀疑是米太太给自己吃的头疼药让自己产生了幻觉，于是后来把药都倒进了下水道。
回到卧室，丈夫问格蕾丝之前发疯的事情，格蕾丝解释那天佣人们离开，自己因为孩子的病不能离开这个房子，一时失控，没有控制住自己。丈夫没再追问，说这次回来是和她们告别的，他要去前线。格蕾丝责问丈夫，战争已经结束，为什么还要回去。丈夫说，他必须回去。一夜温存后，丈夫离开。
格蕾丝醒来，发现不仅丈夫不见了，家里所有的窗帘也不见了，匆匆忙忙找了一天窗帘却一无所获。到了晚上，两个孩子悄悄跑到森林要去找爸爸，格蕾丝在阁楼找窗帘时发现了米太太三人的遗照，同时两个孩子也在森林里看到了米太太他们的坟墓。这时，米太太从园丁的屋里出来，追着孩子们回了家，女主冲他们开枪，却根本打不中米太太。格蕾丝让孩子回房间藏好，自己面对被锁在门外的米太太，防止他们进来。
米太太没急着破门而入，也没有离开。只是和格蕾丝说，即使我们走了，屋里的不速之客也不会离开，早晚会找到你，找到孩子。女主说，屋里没有不速之客。一切似乎都是米太太他们在搞鬼。
这时女孩在房间里发出大声尖叫，格蕾丝急忙上楼去看孩子。发现孩子的房间格局变了，还坐着很多陌生人，其中有一个巫婆和那天女儿穿新衣服时看到的一模一样。
女巫念念有词，让女孩告诉她发生了什么。女孩在女巫耳边低声细语后，女巫说，格蕾丝用枕头捂死了两个孩子，然后开枪自*。虽然一开始格蕾丝和两个孩子都无法接受自己已死的事实，但慢慢他们也回忆起死前发生的事情。
真相终于大白，格蕾丝和孩子们早已经死去，所以孩子们一开始怕光，一直生活在黑暗中。丈夫也在战场上牺牲，尸体在哪里，灵魂只能回到哪里，所以丈夫说他脸上有血，而且必须回到前线。
米太太他们死于肺结核传染病，从一开始，米太太只是努力让格蕾丝和两个孩子接受自己已死的事实。死亡，对于新鬼来说，似乎也不那么容易接受。
而女儿说的维特一家，才是房屋新的主人，维特的父亲是一位钢琴演奏家，所以那晚是维特的父亲在演奏。女儿安穿新衣服之所以变成巫婆的样貌，也是因为那晚巫婆上了安的身，或者让安上了巫婆的身。
故事最后，维特一家搬走，暗喻侵略者的离开。屋外的天气也不再浓雾弥漫，预示赶走侵略者后，阳光重现大地。孩子们也不再害怕阳光，他们可以在自己的土地上自由活动。
电影虽然从始至终没有说明格蕾丝为什么发疯*了自己的孩子并自*，但通过电影可以看到格蕾丝对孩子的爱是真诚的。为了孩子，格蕾丝宁愿困在一座孤岛上，一栋房子里，没有自由，没有社交，这样的牺牲是无私的，更是伟大的。知道死亡的真相后，女孩问格蕾丝，为什么我们死了没有去地狱，地狱在哪里？格蕾丝说，我知道的并不比你们多，我不知道地狱在哪里，但我知道我爱你们。这样的母亲不会随随便便*死自己的孩子。
唯一的可能是女主得到丈夫死讯后，一时精神错乱，想带着孩子一起陪丈夫而去，所以造成了家庭的悲剧。
影片最后母亲对两个孩子说，房子是我们的，谁也不能把我们赶出去。就是对领土主权的宣示，房子如同国家，任何侵略者只会被赶走，谁也不能让主人从自己的国土上离开。
这部电影通过一个侧面反应了战争给人类带来的痛苦。战争夺去的不仅仅是一个男人的生命，更是一家人的幸福。二战期间，有多少这样的家庭，丈夫、儿子在战场上牺牲，活着的家人却坠入了痛苦的深渊。我们在庆幸自己生活在一个和平年代，生活在一个伟大国家的同时，对那些通过战争来稳固自己政权的人，要永远记住他们的罪恶，永远不能原谅他们给人类带来的悲伤和痛苦。
