对僵尸网络进行治理，切断DDoS攻击的源头，从理论上说这是对抗DDoS攻击最为有效的方法。然而，在实际操作过程中，治理僵尸网络需要面对诸多的困难和问题。
进行僵尸网络治理的首要困难在于我们只有能够检测到网络异常，才能够知道系统感染了僵尸程序。如果僵尸主机用于发动DDoS攻击，单位时间内产生大量的攻击流量，那么安装于网络出口的检测设备或许能提示异常，从部分主机的内存占用上也可能看书端倪。但如果这些通信流量很小，并做了加密，那么这些通信则极有可能被淹没于正常的请求中而不被发觉，而我们也就几乎不能察觉到受了感染。
检测到感染后，一般就能提取到样本，此刻遇到的另一个困难就是需要对样本进行逆向分析，找出需要的信息。依据样本的难易程度，这有可能要花费相当长的时间。不过走到这一步，治理就可以从两方面着手。
一是根据逆向分析的结果，编写僵尸程序清除工具，分发至企业局域网的其他感染主机进行清除处理，同时将C&C服务器域名或地址以及通信包特征加入规则予以拦截。迫于威胁响应的压力，这种做法通常是优先选择。这样做的不足在于，清除掉的肯能只是僵尸网络的冰山一角，整个僵尸网络仍然可以维持运营，我们的网络仍然面临被攻击的风险，如来自这个僵尸网络的DDoS攻击等。
二是接管或摧毁整个僵尸网络。这种做法往往非常困难，因为僵尸网络的分布通常不局限于一个地区、一个国家甚至一个洲，而常常分布于多个国家、多个洲，其相应的控制服务器也分布广泛。因此，这种跨区域的打击行动就需要政府间的协调合作，这往往只有有实力、影响大的跨国公司才能做到。
