昏暗的傍晚，红莲哥斯拉出没于香港，浑身滂沱熔岩火山泛着诡异红光，以不同以往的恐怖赤红射线大肆破坏港岛。原来哥斯拉栖息的巴斯岛因地壳变动而融化，岛上的高放射性的铀矿红莲哥斯拉吸收了过多的核能，只要其体温超过临界点就会产生毁灭性的大核爆。
现在的红莲哥斯拉就像一个行走中的超级核电厂，如果被释放，它的核能爆炸会直接摧毁地球。为应付迫在眉睫的危机，既对着中心看人类军方紧急出动冷冻武器与战机，试图借由冷冻红莲哥斯拉来延缓核爆发生的时间。他们只能依靠用冷冻弹降温，再用超低温激光巩固，迅速将其冻成冰雕。
出乎意料的是虽然体表温度降低到冰点，但体内心脏温度仍在上升。如果温度升高到1200度，它的核心就会融化，地球就会融化坍塌成一个洞，最终产生核爆炸。同时在东京市区内水族馆也发生离奇事件，饲养的鱼在瞬间消失殆尽。
经研究后发现，是当年芹泽博士*死初代哥斯拉时无意间唤醒了沉睡于海底的太古微生物，突变成极具侵略性的恐怖怪物戴斯特洛伊亚，后面简称戴魔。而戴魔的来历是源自当年芹泽博士以氧气破坏者消灭初代哥斯拉时唤醒海底地壳中的古代微生物，在接触有氧环境后急速突变成长，可说是*死哥斯拉的氧气破坏者创造的怪物。
这种有氧体突变适应地球有氧环境后进化成幼体，由于数量庞大，人们发动了大量的军队围剿都不是敌手。突然他们聚集了个集合体，小戴魔有点厉害，高40米重1.5万吨，它不仅攻防兼备，可以喷出紫色的氧气毁灭光线，人类很快被打得溃不成军。
小戴魔突然进化为飞行体，往小哥斯拉方向飞去。另一边小哥斯拉出现在水上，哥斯拉的儿子米尼拉，这个时候它已经长大了，但是缺乏战斗经验，独自面对古代的巨兽，第一个照面就被打趴。第二回合，小哥斯拉趁着小戴魔飞行时一发原子吐息将其击落。第三回合，小戴魔用建筑当掩体，将小哥斯拉放倒地，趁机会骑上去压制。双方展开地面战，突然小戴摩用巨嘴咬下去，吸收能量的同时顺道把氧气破坏者注入进去。小哥斯拉顿时口吐白，奄奄一息。最终小哥斯拉奋力一击，把小戴魔炸向发电厂去。
随后赶来的红莲哥吉拉终于和儿子会面，但亲子还没来得及享天伦之乐，异变骤然发生，小戴魔已经完成了超级进化。《戴斯特洛伊亚》：恐龙的身躯，螃蟹的全家，蝙蝠的翅膀，恶魔的头颅。戴魔究极体高120米，重8万吨，哥斯拉都显得有点矮小。
出场立即撞倒哥斯拉，并报仇般的抓起小哥斯拉，飞到高空后重重地抛到地面，并喷射多发氧气毁灭光线将其击败。哥斯拉发出痛苦的哀嚎，去而复返的戴斯特洛伊亚也再次降临。濒临的怪兽之王与氧气破坏者化身的死神以展开最终决战。
·第一回合：戴魔趁机偷袭，哥斯拉被惨喷一顿，但是倒地秒起。
·第二回合：哥斯拉被完全激怒，与戴魔展开肉搏，惜败被戴魔拖行十几公里。
·第三回合：哥斯拉不顾体温迅速上升，先扛住了戴魔一击变量切割，然后开启了红莲状态，两发红莲吐血喷涌而出，再两爪黑虎掏心放倒了戴魔。戴魔竟然没领盒饭，还分裂成多只小带魔围攻哥斯拉。
·第四回合：小带魔们冷却回复，又合体成完全体向哥斯拉进攻。哥斯拉这时体温将达到峰值，背鳍开始融化，狂怒的哥斯拉将红莲能量泉涌，向戴魔喷发，再加上人类的冷冻武器，戴魔最终坠落在红莲哥斯拉旁，燃烧殆尽。哥斯拉此时体温达到1200度的峰值，即将爆炸。人类射出所有的冷冻武器降温，红莲燃尽，世纪终结。怪兽之王散发为璀璨的光芒，二世复活，世纪新篇。
小哥斯拉吸收了红莲哥斯拉的能量，进化为成年哥斯拉。本片作为1954年的延伸，相当自然地将以往的元素融入其中，也提供了新的反思。如当年的哥斯拉是位反核能创造的怪兽，实属反核能创造的怪兽。旨在警示世人核能武器的可怕，呼吁滥用可能带来的严重后果以及大自然的反扑，伤害之大让原本不愿用自己研究用做武器的芹泽博士也决定破例。
但在这部中看到的却是芹泽博士彼时的战果，造就出新的怪兽，威胁性比起40年前的威胁有过之而无不及，而唯一能与之对抗的竟只有同为核能毁灭化身的哥斯拉。此片固然讽刺，但还是有延续最初的主旨，科技滥用的后果难以估计，而来自大自然的反扑更是致命。
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