夏威夷小岛上平静的夜晚，突然间冲天的巨浪翻滚而来，没有任何预兆，恐慌的人群四处逃窜，城市里瞬间变成了一片汪洋。而夜幕之下，有个庞然大物随着巨浪而来，所到之处都成为了一片废墟。它那粗壮到令人恐怖的后腿，带来满屏的压迫感，这就是传说中的怪兽之王哥斯拉。
让我们紧接着上集继续。刚送完福德去夏威夷，秦泽博士这边就收到消息，夏威夷附近一艘核潜艇突然消失，军方怀疑是穆托所为，于是立刻开始了搜索，同时秦泽博士也准备前往夏威夷。
不久之后，在夏威夷岛上某处，军方也搜索到了那消失的潜艇。潜艇倒挂在山上，外面附着一层厚厚的黏液，而一旁的穆托正在吞食潜艇里的核弹。与此同时，在不远处的海面上竟突现异常，海底一头巨兽正在朝秦泽博士所在的航母由来。
幸运的是，它对这航空母舰并不感兴趣，只是从航母下面游了过去。它的目标是岛上的另一头巨兽穆托，而这头水中的巨兽就是哥斯拉。它的到来卷起了冲天巨浪，淹没了整个城市，庞大无比的身躯摧毁了阻挡它前行的所有建筑，所到之处一片废墟。
同时，倒霉的男主福德正好也在夏威夷，他正乘坐着轻轨前往机场。突然间山上的穆托发出了强烈的电磁波干扰信号，直接令整个城市的电力系统发生了中断。等到电力再次恢复的时候，穆托已经出现在了城市中央，并开始肆意的破坏。福德乘坐的轻轨也瞬间被截成两段。
当穆托抵达机场时，哥斯拉也正好赶来，两头巨兽相遇，但穆托的体型显然要小不少，因此它也没有正面硬抗，而是选择了飞离。第二天天亮的时候，两头巨兽早已消失不见，但这美丽的城市却已经满目疮痍。
此时在航母上的秦泽博士则推测，哥斯拉正在猎*穆托，而穆托发出的电磁回波可能是在呼唤另一头同伴。果然正如秦泽所猜测，在美国一处核废料基地，原本已经休眠的另一头穆托也已苏醒，正在朝着旧金山方向移动。
这头体型更大但不会飞的是雌性穆托，之前出现在日本和夏威夷的则是一头雄性。考虑到当地民众的安全，军方长官决定启动核弹攻击。而在美国加州某地，军队正在紧张的部署，几枚超大的核弹头将被装上火车，并运往美国旧金山。
此时福德也刚好回到这里的军方基地，于是他向长官申请了运送核弹的任务，因为他要借此前往旧金山，他的妻子和儿子都在那里。获得准许后，他也第一时间电话告知了妻子，并承诺会回来接他们。
但是运往核弹的火车却在半路遭遇了穆托的拦截。由于铁轨被破坏，火车直接冲进了湖底，其中一枚核弹头也被前来的一头雌性穆托所吞食。整个运送核弹的军队也损失惨重，幸好在男主光环的加持下，天亮之后福德灰头土脸的被惊醒。
与此同时，火车上剩下的一枚核弹头则改成了军用直升机运送，福德也终于磕磕碰碰地来到了旧金山。随着这枚核弹头的落地，军方似乎也信心满满，他们想要把三头怪兽引过来一起消灭。但显然这太低估了这些泰坦巨兽的能力。
而此刻的旧金山乌云密布，无数被惊吓的鸟群迅速飞过，恐怖的气息犹如世界末日降临。而金门大桥上，军方的坦克也已经部署到位，正静候着一场恶战的来临。突然前方的旧金山海湾一股海浪迅速袭来，那气势正是怪兽之王哥斯拉。转瞬之间，好几艘海军舰队就被轻松掀翻。
