对于《合金弹头》系列，相信大家都不陌生了，因为这算得上是一个时代最具代表性的作品之一了。而且在整个系列中，《合金弹头3》可以说是其中的巅峰之作。
在这一部中，合金3增加了很多隐藏要素，比如在第一关的海岸中存在可以增加分数的鱼、在打爆一些废墟后跳出来很多螃蟹等等。
而且在这次的作品中，首次出现了分支路线的设定。除了最后一关，前四关均可以有多种不同路线可供选择，每条路线的场景和敌人均不同。
当然除了分支路线还有着隐藏路线，比如在第一关登陆海滩后，打烂一艘超大废船，就会看到有一只黄色的潜艇出现在画面底部。这时要从破烂的船体底部下爬过去。坐上潜艇就会进入第一关的隐藏地点，打穿后直接进入关底。
如果不选择刚刚的潜艇而从上面过去，则在断船的地方出现分支，可以选择跳过断船，或跳下在小船打。不过第二关的隐藏关卡很有意思，第二关里在我们打落一群直升机之后的第一个滑坡下，有一个标着ICEMAN的冰门，打烂它可以进入第二关的隐藏地点。里面全是雪怪，人物被雪怪击中后会变成雪人。
而且里面还有只大象可以骑。
第三部的剧情还是连接着第二部，在第二部的结尾最后是炸掉火星人的飞船把摩登救了出来。而摩登并没有被捕入狱，又开始搞事情了。
在游戏的第一关我们能看出来这次的敌人不止是摩登的叛军了，还有很多稀奇古怪的变异生物。可以看出它们都是龙虾螃蟹的变异体，根据正规军的调查，这是摩登和火星人合作打造出了一种可以改变基因的核武器并在这个岛上进行了投放实验。我们见到的这些类似螃蟹大虾的生物便是被辐射过的生物。叛军就将这些生物进行了改造，成为最恐怖的生化武器。
就像第一关的BOSS，本来是一只寄居蟹，结果却被辐射成为最大的怪物，叛军也将它改造成了最凶悍的生物。
等主角继续深入发现丧尸都出来了，经过调查得知，这是来自火星的摩罗十诫带来的丧尸病毒，它们就是病原体。摩罗十诫是火星上另外一个种族，拥有超越一般火星人的智慧和武装。也就是游戏中第二关的BOSS。
经过一番苦战后主角击败了摩罗十诫。最后在摧毁了深藏海底的摩登军团基地和一个它们种族的远古文明祭坛后终于与摩登相见了。不过在击败摩登后，主角们发现，这个站在自己面前的摩登居然是火星人假扮的，而真正的摩登将军还在火星人的飞船上绑着。
原来在二代结尾摩登从飞船上掉下来时就已经被掉包了，摩登本人还被火星人囚禁中，这就不难解释为什么火星人可以借助摩登军团研究这么多奇怪生物了。正当主角等人刚弄明白事情始末的时候，马克突然被火星人给劫走逃出地球了，原因就是火星人发现马克战斗起来英勇无比，所以想要捉一个回去进行量产，从而霸占地球。
这一下把剩下的主角们弄得不知所措，正在主角一行人不知道应该如何去营救马克时，反叛军却拿出了火箭让主角们赶紧登上火箭去追击火星人。原来，摩登早在选择与火星人合作时，为了以防万一就造了很多火箭。不过恐怕他自己都没有想到，自己防备着的合作伙伴，会直接把自己抓捕并长期囚禁起来。
最终主角们乘坐火箭与火星人不断战斗之后救回了摩登将军。而反派军这次在救回老大之后，并没有选择撤离，而是和主角团一起去营救马克。但这个时候，火星人已经制造出了很多马克的克隆体，不过好在由于在之前的战斗中，马克感染过丧尸病毒，所以火星人克隆出来的马克都是失败品，没有完美继承马克的能力。
把马克救出来后，主角们乘坐着合金弹头战车想回地球去，但是被火星人的首领火星之根抓住了，这个时候合金弹头战车终于发挥出了它的威力。虽然被火星之根抓在手中，但是其强大的战斗力基本上没有受到影响。
最终主角们在合金弹头战车的帮助下击败了火星之根，并在合金弹头战车的救生艇功能下回到了地球。
在最后的结尾画面上，主角一行人在合金弹头战车的帮助下浮在水面上，而摩登也驾驶着火星飞船带着他的部下来到了主角们上方，并开始哈哈大笑。与以往不同，这次摩根的笑容只能是和平的笑容了，而主角们看到和他们多次并肩作战的摩登和他手下的“叛军”时，把自己的手枪丢在了海里。
如果看到最后的小伙伴都知道，镜头给了这把枪很长时间的特写，反战思想又一次显现出来。
《合金弹头3》虽然是SNK在面临*危机前所推出的最后一款《合金弹头》系列作品，但《合金弹头3》并没有因此受到影响，反而保持了极高的品质，堪称《合金弹头》系列的巅峰之作。
