《合金装备4》故事发生在《合金装备2》的5年之后，但是整个世界在这短短的5年里却发生了戏剧性的变化。自曼哈顿的巨壳（Big Shell）事件之后，美国政府要求所有为PMC（私人雇佣兵公司）的士兵全都注射一种被称为SOP（爱国者之子）的纳米机器人。
这样政府就可以很方便的控制他们的身体机能和感情。这一新的技术使得PMC的士兵几乎成了所有战争中的主力。结果随着战争的蔓延，PMC的组织规模也变得越来越庞大。
到游戏的故事开始时，战争已经成为了世界经济的一个重要的组成部分。罗伊·坎贝尔（Roy Campbell）上校现在供职于联合国的一个下属机构，专职观察PMC的发展。根据研究，目前整体的PMC军事力量规模经过几年的扩张以经可以和美军匹敌。
