下部 黑暗森林
（简单来说就是新的时代，大概两个多世纪后，冬眠的人都醒来了，新的时代有表面的技术爆发，导致每个人对未来充满了信心和希望，打三体手到擒来。罗辑醒来后被宣布面壁计划终止。他成为了一个普通人，和大史搞在一起，因为不适应地下生活以及被三体组织的病毒谋*，他们在地面和一群冬眠的人生活在一起。太空军发展也挺好，各种舰队。面壁者之一的希恩斯，搞出思想钢印那个，他的破壁人就是他的妻子，他是个失败主义者，钢印族失败主义目标是逃亡，后续没啥作为。章北海也认为人类必败，谋划了两个多世纪的逃亡，醒来后搞走了一艘军舰，然后四艘追他的军舰一块避免了被屠*，但是他们发生了黑暗战役，最后只有一艘舰队一千多人往宇宙深处去。三体探测器到达地球后单方面的屠*了人类的太空舰队，两艘因为丁仪的建议提前进入深海状态的舰队逃出后也发生了战役，一艘往宇宙飞去。最后罗辑力挽狂澜，在探测器屏蔽太阳后，在天空处搞了另外的方式能够向宇宙中发出信息来威胁三体，最终使人类避免死劫，三体舰队改变航向，智子退出太阳系，三体探测器也退出太阳系。完结）
第二部整本书围绕序言叶文洁提出的那个宇宙公理展开。整个宇宙就像是一片黑暗森林，各个宇宙文明就是在黑暗森林里的猎人，一旦发现其他目标，因为猜疑链，一定是搞死对方。哪怕对方处于原始时代文明的幼儿期，因为技术爆炸，几百几千年在宇宙尺度上是可以忽略不计的，三体来地球都需要四百年，人类从封建社会到现代社会只花了两百年，技术爆炸的可能性巨大，所以一定会搞死对方。第一部人类拼命在宇宙森林里大声呼喊告诉别人我在这，换来的就是三体世界过来毁灭你，哪怕三体世界不被三颗太阳折磨，他们也会毁灭你。第二部用这条法则，用向宇宙森林暴露三体的位置来威胁三体最终让三体放弃了毁灭人类。
以下是三体第二部下-黑暗森林的内容
危机纪年205年，罗辑醒来，他的病在冬眠中治好了，（对这个时候的描述跟流浪地球电影里的生活很像，大多数人都住在地下，城市里有一棵棵人造的树，人们住在树上）
新时代好像还不错的样子，大家对未来充满了信心。
乔纳森来找罗辑，安排面壁计划最后一次听证会。太空舰队发展成独立于地球之外的政治体，有三大舰队，亚洲舰队、欧洲舰队和北美舰队。听证会由太阳系舰队联席会议召开，没有实权，听证会宣布面壁计划是一个失败和愚蠢的计划，特此终止面壁计划，废除面壁法案，罗辑恢复普通人的身份。
罗辑被关掉会议图像后，山杉惠子在会议上跟希恩斯说，她是希恩斯的破壁人。山杉惠子说希恩斯的计划并非提升人类的智能，因为对思维的研究必然进入量子层次，那里有智子等着，不可能成功。思想钢印才是希恩斯研究的最终目标。
思想钢印出来后先后有五万人自愿接受了，被称为钢印族，后来思想钢印被判为犯罪侵犯思想自由被封存了。
山杉惠子告诉大家，思想钢印并不是只有一台，一共有五台，希恩斯秘密移交给钢印族，由他们延续。
希恩斯是一个彻底的失败主义者，坚定的逃亡主义者，唯一的目标是实现人类的逃亡，他隐蔽的操纵了思想钢印控制软件的符号，所以钢印族是一个持有绝对失败主义信念的组织。
史强也苏醒了，他的白血病治好了，他来找到罗辑，他俩在外面时又被飞车撞，被大史救了一命，大史觉得是谋*，坚持要报案，后面又遇到多次意外，明显朝着罗辑来的。警察说这是三体组织在之前搞的一种谋*病毒。这个病毒专门为罗辑编制的，一直没有激活，潜伏到了今天。警察建议罗辑去地面生活一段时间，过渡和适应，顺便避开这个谋*软件的操纵。
章北海被唤醒，这个时代已经没有失败主义了，大家对未来充满了信心，所以章北海的增援未来已经没有了意义，但是钢印族的潜在威胁，谁都不可靠，但章北海他们冬眠的时候思想钢印还没出现，所以舰队决定将指挥系统的舰长权限交给章北海他们。
罗辑和史强到地面上去，地面上主要是一些冬眠者生活，通过这些人罗辑了解到大低谷时期，持续了半个世纪，八十三亿人口降到了三十五亿。各种革命让太空战略中止，集中力量改善民生，才慢慢结束大低谷
在生命面前，人类文明延续并不重要，当今社会的基础理念是人文原则第一，文明延续第二
当人类打算平平安安过好当下，不管什么三体危机的时候，那些技术障碍一个接一个的突破了，然后又开始考虑战争的事情了。
自然选择号的舰长东方延绪教章北海操作军舰，东方延绪表示她会辞职
监测站发现三体舰队探测器熄灭了，也就是跟踪丢了，海王星轨道外面有四搜联合国环境保护组织的大型飞船，从事雾伞工程的开发（开采油膜矿，这种物质计划用在太阳与地球之间形成油膜尘埃，降低太阳的辐射，缓解温室效应），利用恒星型氢弹在三体探测器预计要通过的区域制造尘埃云，三体探测器进入尘埃云留下尾迹，测定其精确的轨道参数，然后让蓝影号小型飞船按照三体探测器的轨道参数和航向去追踪三体探测器。
自然选择号的舰长权限交给章北海后，他启动了前进模式，全舰进入深海状态，飞向宇宙，自然选择号叛逃了，因为舰上两千多名官兵，统帅部没有摧毁自然选择号
自然选择号在聚变燃料剩下的不足以返回太阳系后停止了加速，随后通讯也回复了，章北海说他并没有背叛，他说这场战争人类必败，他只是为人类文明保留一粒种子，章北海觉得人类必败的根源来自未来史学派，从他们的研究中章北海确立了人类必败的思想，为了星际逃亡，章北海用了两个世纪来实施这个计划
全世界都觉得人类必胜，甚至开始狂欢，对未来充满了希望，甚至讨论接纳三体人，给他们安排生存地等等
联合舰队两千多艘出击拦截三体探测器，新闻播放这一盛况，人们欢呼，只有罗辑和大史冷静，大史被认命为警务长官，见到自己新来的同事希恩斯，希恩斯说山杉惠子自*了，他被打上了失败主义的钢印，但人类胜利了，两种思想的冲突所以他痛苦万分。
丁仪七年前苏醒，在北京大学物理系任教，他申请第一个考察拦截的三体探测器，出于各种政治原因和他本人的情况，最后被批准。
看到三体探测器时，完美水滴的形状，像一个精美的艺术品，但丁仪内心总觉得不安，他提议捕获探测器的时候，战舰进入深海状态，两个世纪前的他醒来还能在大学教物理学，并且带博士生，这两个世纪的基础物理学并没有什么进步，出于这个原因，最后舰队批复两艘战舰进入深海状态
小型无人飞船轻松地捕获了三体探测器，没有任何意外情况，平静得像捡起来一颗珍珠，人类欢腾起来，对敌人有了绝对的自信，且对三体世界的感官发生的变化，由敌视转向同情甚至敬佩。
章北海得知水滴被捕获后依然坚持自己的选择，他交出控制权要求东方不要减速。
丁仪和四名陪同他的军官去接触水滴，电子显微镜放大到一千万倍看到的水滴表面依然光滑镜面一样，没有半点区别。无人飞船机械手夹过的地方和用地质锤砸过的地方用显微镜放大一千万倍依然是光滑的镜面。
接着水滴发出光环，他们瞬间被汽化。科考四人和捕获探测器的螳螂号被毁灭，爆炸后有一块加速的碎片（其实就是水滴），舰队并没有很重视。接着水滴贯穿了一百搜战舰，在一分钟内全部炸完，在十三分钟内水滴消灭了六百多搜战舰后，人们才发现水滴的存在，单方面的屠*开始了。
因为丁仪的建议，两艘军舰量子号和青铜时代号在捕获前已进入深海状态，两艘军舰紧急加速，冲入了太空深处，其他全部毁灭，人类太空武装力量全军覆没。幸存者总人数为六万左右。
章北海再次醒来，受到了舰上所有人的敬意，他为人类保存下来了五搜星际战舰（他叛逃的那一搜，加上追他的四搜）。全体人自愿接受他的指挥。
人类社会已经集体精神崩溃，冬眠者还能保持常态。
章北海带着5支舰队（五千五百人），再也回不去了，他们就是新的社会（世界）了，给自己取了一个名字叫星舰地球。
星舰地球召开了第一次全体公民大会，确定航行目标是天鹅座方向的NH558J2恒星（距离十八光年，星舰地球可能两千年后才能到达），它带有两颗行星，不适合人类生存，但是可以给飞船补充核聚变燃料，到时候再找寻新的适合生存的目标地方。（不同方向距离远1.5光年有一颗带行星的恒星，可能适合生存，但是如果去了发现不能生存，星舰地球就会失去补充燃料的机会）
两千年漫长到看不到尽头，也许可生存的世界永远也找不到，新的人类文明是永远在航行之中的星舰文明
星舰地球成了新的国际，需要制定社会模式，需要经历实践和探索，才能找到适合星舰地球的社会模式，章北海拒绝了星舰地球的权利委员会主席，要求恢复自己自然选择号执行舰长的位置，舰长还是东方。
接着星舰地球的人都心理失衡，变得沉默和哀伤，在这种环境下人已经不是以前那种概念的人了。经过交流问题根源是燃料，配件，到达目标星球会穿过两片星际云，会减速，这样的减速会导致6万年才能到达目标星球，燃料不可能维持到那时候，配件目前没那么迫切。
最后舰长交流的结果是一部分人死，不然所有人都得死。
次声波氢弹，能够*死飞船内的生命，对飞船设施没有损坏。谁也下不去手，章北海选择了出手，然而他最后的心软让他慢了几秒钟，终极规律号先发射了次声波氢弹，蓝色空间号在受到攻击前所有人员都穿上了航天服，舰体内部抽成了真空，然后开始反击，终极规律号输了全员无一生还。
另外在三体探测器屠*的时候，因为丁仪的建议，逃掉的两艘战舰也互相攻击，青铜时代号*掉了量子号内所有的人类
蓝色空间号最后赢了，一共一千两百七十三人，他们成了太空新人类，收集了三艘舰体的燃料，为其他死去的四千多人构建了一处太空陵墓。将太空陵墓加速滑行，六万年后达到NH558J2。
青铜时代号也在飞向金牛星座方向。
太空中人类幸存者只剩下蓝色空间号和青铜时代号，他们切断了与太阳系的一切联系。
罗辑再次成为了面壁者（他自己履行面壁者的责任），他手里有人类胜利的钥匙，他们试图去找上面的领导，罗辑认为水滴将在十几个小时后到达地球，是为了*自己。
他和大史去地下城想着通过市政领导见最高的领导，无法做到。罗辑回到地面往人烟稀少的地方去，让大史离得越远越好，他一人去赴死，开始临死前的感伤回忆一生，然而水滴并没有*他，只是调整到太阳同步轨道上，水滴便始终处在地球和太阳之间，水滴向太阳发出强烈的电磁波，是来封死太阳的，从此人类不可能通过太阳这个超级天线向宇宙中发送任何信息了
罗辑回去后成为了大家的救世主，面壁计划恢复，罗辑是唯一的面壁者。因为罗辑发射的咒语生效了，五十一年前187J3X1恒星被摧毁了，一年前被观测到，但是直到今天观测信息才被发现。
罗辑给大史讲宇宙的正义，宇宙文明的两条公理：一、生存是文明的第一需要。二、文明不断增长和扩张，但宇宙中的物质总量保持不变。
星舰地球是个宇宙文明的缩影，五搜战舰的猜疑链，最终发生黑暗战役，宇宙文明比5个类宇宙文明（5搜飞船）猜疑链更加坚不可摧， 生存死局是注定的。猜疑链跟文明本身的社会形态和道德取向都没关系。宇宙中一旦任何文明接触，猜疑链就发生了，哪怕你是幼儿期的文明，因为技术爆炸的可能性，在宇宙尺度上，几百年只是弹指一挥间。所以当对方知道自己的存在后，只有一种结果了，那就是搞死对方。
宇宙文明就是任何暴露自己存在的生命都将很快被消灭。
罗辑向宇宙发送的那三张图，标示了187J3X1，然后187J3X1被摧毁了。
太阳系与三体世界的相对距离和在银河系中的大致方向已经公布，暴露三体位置几乎等于暴露太阳系的位置，同归于尽的战略，但是太阳被封死了，人类无法向宇宙发出信息了，并且同归于尽的战略跟雷迪亚兹的雷同，可能人类先灭了罗辑。
罗辑联系苏醒庄颜和他娃的事情，没进展，联合国用这件事要挟和控制罗辑专注于自己的工作。
听证会联合国要求罗辑公布咒语的秘密，哪怕用庄颜和他娃苏醒作为条件，罗辑也没答应，
第二次听证会联合国让罗辑领导雪地工作，九个水滴到达太阳系的时间是四年前推测的大概是三年后，但它们调整了，人类失去了它们的踪迹，雪地工程就是制造太空尘埃云，追踪水滴的踪迹。确定水滴的目标，也确定可能撤向太空深处的飞船安全的航向。
制造尘埃环是一项浩大的工程，需要借助罗辑的地位和威信来完成，工程全面启动就可以苏醒庄颜和他娃
然而雪地工程只进行了一部分，罗辑全身心的投入雪地工程，没有提出什么救世计划，一年半后公众对罗辑失去了耐心和信心。大家开始觉得187J3X1的爆炸是偶然事件了，罗辑依然拥有面壁者身份，但是已经没有什么实际权力了
后来罗辑被驱逐出小区，大家对罗辑充满了厌恶和失望。罗辑去到杨冬和叶文洁的墓旁边给自己挖墓，挖了一点点他虚弱的睡着了，醒来他跟三体世界对话，他手腕上有一个生命体征检测仪，发射的信号与一套摇篮系统联结，到达雪地工程的三千多枚导弹，自己死了，导弹将被引爆，会使太阳闪烁形成三张简单的图形（用尘埃云遮挡太阳向星际发送信息），标注了三体世界和周围三十颗恒星的位置，当然，太阳系和地球的位置也会暴露。现在罗辑要*了自己以此跟三体世界谈判，罗辑要求让水滴停止向太阳发射电波，并且让九个水滴飞离太阳系，最后让三体舰队转向偏离太阳系，三体世界都答应了。
罗辑后面交出摇篮系统，他功成身退，人类和三体谈判，让三体取消智子的封锁，也传授向宇宙发射信号的技术等等。
五年后罗辑和庄颜快乐的生活在一起，两个半世纪前曾向地球发出警告的监听员跟罗辑讨论爱的问题
（完）
