事情还要从一位冒险家说起，他在非洲勘探多年，把自己的经历编撰成一本《自然历史纪录》，然而时运不济，这部作品无人问津，冒险家也郁郁而终。直到多年之后，《自然历史纪录》辗转到了斯宾塞家族手中，年轻的族长奥斯威尔·E·斯宾塞碰巧翻看，对书籍记载的可以增强寿命与力量的“太阳阶梯”十分感兴趣。于是斯宾塞找来好友爱德华·阿什福得与其同学詹姆斯·马库斯博士开始研究。马库斯博士就在这“太阳阶梯”中提取出了万恶之源——始祖病毒。
为了更好的进行研究，三人合力创建了保护伞公司，在世界各地设立研究所，其中一处就位于浣熊市郊区的洋馆当中，这里的地下与市属警察局相连接，后来也成为系列几部优秀作品的重要舞台。
进行研究的马库斯博士日益陷入疯狂，甚至不惜利用所内成员作为实验对象。然而，事情败露，马库斯被扫地出门，爱德华也不慎感染病毒早已去世。独揽大权的斯宾塞为捍卫地位派人暗*了马库斯，抛尸下水道，并提拔了马库斯的学生威廉继任所长。至此，生化危机系列的故事正式开始。
在系列时间线最早的序号作品《生化危机0》中，浣熊市警察局S.T.A.R.S.的精英Bravo小队成员主角瑞贝卡，为调查连环*人案件乘火车来到郊区洋馆附近。
不幸的是，马库斯被暗*之时被感染始祖病毒的水蛭女王寄生，此时复活的他释放了T病毒，袭击了火车，誓要向保护伞报仇。瑞贝卡在调查时偶遇逃犯比利，为揭开真相，两人合作开始了逃出生天的惊险探索。
《生化危机1》剧情紧接前代，Bravo小队一去不回，总部派出Alpha小队前去寻找，吉尔，克里斯，巴瑞和威斯克四名成员刚刚抵达就被丧尸狗追*，逃入洋馆内，察觉到了丧尸诞生的秘密。然而，小队成员之一的威斯克却是保护伞的间谍，此番行动是为了收集生化武器的作战数据，甚至以家人威胁巴瑞陷害其余两名成员。最终，本作主角吉尔与克里斯就这样承担起了活着把真相带回警局的责任。
这两部作品组成了起源合集，讲述了T病毒最初是在何时何地发生了传播，是所有后续故事的根源。这一时期，两款游戏仍采用固定视角三维空间的行动方式，尽管一切变化尽收眼底，但狭窄阴暗的环境仍将恐怖氛围渲染得十分到位。早期高清化之后的画面虽然不及当代大作，但更加精细的人物建模与场景贴图现在看来也并非不可接受。
一代剧情结束后，吉尔和克里斯成功回到警局，然而局长早已被保护伞公司收买，无奈之下克里斯孤身前往欧洲调查。此时，现任研究所长威廉为了防止落得和他的老师马库斯一个下场，希望得到美国军方的保护，但保护伞公司抢先一步，派出U.S.S进行控制，威廉为了留住G病毒，将其注射在自己体内，变成了怪物，也把T病毒储藏容器打破，流进城市下水道扩散开来。
《生化危机3》的前半部分，吉尔正在家中休假，却被破墙而来的“复仇女神”追*，这是保护伞公司为守住病毒研究情报所派出的人型兵器。在已经充满丧尸的浣熊市中，吉尔遇到了U.B.C.S.小队，希望启动地铁逃离这里。然而，高度智慧化的“复仇女神”一次次粉碎逃跑计划，吉尔就在这过程中不慎受伤晕了过去。
浣熊市内，前来入职的新警员里昂和寻找哥哥的克莱尔就在丧尸危机爆发的情况开始了他们的《生化危机2》之旅。里昂遇见了特工艾达王，遭受暴君追*，为寻找G病毒一步一步前往研究所深处。克莱儿认识了威廉的女儿雪莉，却发现她已经被植入G病毒胚胎，为了救治雪莉，也在向研究所深处摸索。
与此同时，U.S.S成员卡洛斯为拯救吉尔，前往医院寻找医疗物资，并寻找保护伞公司下令搜索的解药，吉尔伤势好转之后也踏上了寻找解药的道路，但“复仇女神”依旧穷追不舍。屋漏偏逢连夜雨，此时众人也得知了政府即将“核平”浣熊市的消息。《生化危机3》后半部分就在这危机时刻展开。
Capcom在近两年对这两部作品进行了重制，通过全新的RE引擎对整个浣熊市进行重新渲染。阴森恐怖的警局内部和遍布丧尸的街道让人过目难忘，“暴君”与“复仇女神”的无处不在，把“被追*的恐怖”展现的淋漓尽致。此时，主角们虽然对敌人已有了些许了解，但依旧没有充分准备。利用好能收集到的所有道具，避开不必要的战斗是这两部作品的要点。作为系列最经典作品的完全重制，《生化危机2重制版》与《生化危机3重制版》实际上已经是一部完完全全的现代游戏，无论是顶尖画面表现还是熟悉的第三人称追尾视角游玩方式，都让它们完全适合这个时代的所有玩家。
在这场被称为“浣熊市事件”结束后，保护伞公司阴谋败露，公司*。六年后里昂已经成长为美国特工，在《生化危机4》中的任务就是寻找总统女儿艾什莉。不幸的是，目的地村落中的村民早已受邪教荼毒，感染寄生虫病毒而不自知。里昂救出艾什莉却发现她已被感染，为寻找血清继续与教会周旋。艾达王也为了取得寄生虫样本来到这里，两人再次携手也让彼此感情继续升温。
从本作开始，Capcom将背景放在更为明亮的村落中，然而昏黄的阳光与诡异的村落不减恐怖氛围，反而在多种敌人的加持下愈发诡异了起来。动作元素的加入让里昂在面对敌人时更具主动，角色多年的成长在言语动作上彰显无遗。此外，《生化危机4》对QTE的使用炉火纯青，甚至影响了之后许多动作游戏。本作是系列正篇评价最高的一部作品，无论是剧情、体验，都极其优秀
在经历弱化恐惧感的《生化危机5&6》后，系列多年沉寂，正传最新作品《生化危机7》另起炉灶，重拾初心，在美国南部的一座农场中开启了生存恐怖新篇章。本作主角伊森为寻找失踪多年的妻子来到贝克庄园，却不知道一种真菌病毒已经感染了这片土地的所有生物。在卡普空为次世代游戏打造的RE引擎渲染下，夜色中的农场阴森恐怖，灯光摇曳，风声鹤唳，看似正常的贝克一家也远非表面那么简单，伊森的寻妻冒险中遭受着身心的双重压抑。
《生化危机7》也是系列正传首次采用第一人称进行，在主视角下发生的故事带来绝佳的代入感，让这款游戏的恐怖演出更上层楼。并且作为由次世代引擎开发的游戏，画面表现力也十分惊人，第一人称的极近视角下，场景中的细节仍然显得无比真实。
《生化危机7》的剧情表面上和和前作几乎没有联系，但收集并妥善利用有限物资清理怪物，寻找关键道具破解谜题，小心规划找到各个关键机关之间的最安全路线等等玩法都是最纯正的《生化危机》风味。此次事件与保护伞公司的联系虽未被摆上台面，实际却藏在只言片语当中，系列粉丝也许可以从中挖掘线索，新玩家则可专注体验游戏本身。正是得益于此，本作成为了新玩家接触《生化危机》的首选，剧情的独立让人不必担心错过前文，并且诸多流言表示，《生化危机8》将延续伊森的冒险，就让我们拭目以待吧！
