左下角为向前与向后的方向键，右下角则是攻击与跳跃。变身药水将显示在右上角，点击即可在骷髅形态与王子形态之间切换。此外，游戏还设定了粉笔道具（显示在左上角）。获得粉笔道具后，玩家可以直接在游戏画面上使用粉笔道具绘画。游戏中使用剑进行攻击，为三段攻击（跳跃可以取消发动攻击后的硬直），可以*死斧骑士 可以被公主看到，并能抱起公主，从而能走下台阶，将公主抱起时，不能进行攻击、跳跃游戏的操作并不复杂，
作为玩家的护送目标，公主只会在平坦的路上前进，《骷髅王子》手游里面在路上的任何障碍、向下的台阶、空隙，都会使公主止步不前。并且当面前出现怪物时，公主会害怕地往后方逃跑一段距离。游戏一共有白色、红色、蓝色三种粉笔，其中白色粉笔可以让断掉的绳索与重物重新连接到一起；红色粉笔则是导火索，连接在火源与道具之间，将道具（如蜡烛、炸药桶）点燃；至于蓝色粉笔，则可以凭空造水，使得木箱等道具浮起。
游戏中不能*死斧骑士可以被公主看到，并能抱起公主，从而能走下台阶，将公主抱起时，不能进行攻击、跳跃公主在受到普通怪物的攻击后，头上的皇冠会掉落，此时公主将拥有一定的无敌时间，再次受到攻击则会死亡。同时，虽公主不会主动跳下台阶，但如果公主从高处落下，也会当做受到了1次攻击，如果距离太高的话，还将直接死亡。在第13关时，王子形态还将受到强化。下面就小骷髅的3个形态所拥有的能力进行说明。骷髅形态可以二段跳 使用骨头进行攻击，并将敌人击退，但不会造成伤害骷髅形态下不会公主看到王子形态不能二段跳使用剑进行攻击，为三段攻击（跳跃可以取消发动攻击后的硬直），
游戏一共有15大关，每个大关包括10个小关卡，并且，每个小关卡还额外设有一枚硬币供玩家收集。玩家在游戏中操纵的是一只小骷髅，并且随着游戏的进行，玩家将会获得变身药水，可以在骷髅形态和王子形态之间互相切换。王子形态需要不断消耗变身药水去维持在游戏中，玩家的目标就是为公主清除路上的障碍，为公主铺好前往终点的道路。游戏以一朵花表示终点，公主到达终点时，还需要有玩家陪在身旁才算过关。，玩家可以在画面右上角看到药水的余量，当药水完全用光时，王子将自动变回骷髅形态。处于骷髅状态时，变身药水会不断得到补充。
