生化危机启示录1的剧情主要讲述了吉尔为了寻找克里斯的下落，来到一艘游轮上。然而，这艘游轮却隐藏着不为人知的秘密，还有一个被称为“姐妹船”的存在。在这个过程中，吉尔逐渐发现了一个新的恐怖组织bsaa，并且这个组织正在密谋进行一些危险的实验。同时，吉尔还发现了联邦生化反恐委员会（fbc）内部居然存在内鬼，这个内鬼为了自身的利益，不惜背叛自己的组织。
最终，吉尔发现这一切的幕后黑手是一位恐怖组织的头目，他因为和fbc的交易失败，而决定将自己变成怪物，并试图控制整个世界。吉尔必须在这座被僵尸所包围的城市中*出一条血路，尽快找到克里斯，并揭露这个恐怖组织的阴谋，否则等待她的只有死路一条。
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