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01 服务器案例一:第一性原理(南方科技大学)
客户计算目标程序 (客户提供源码和版权证明):
Materials Studio(gateway)
VASP
CP2K
Gaussian
PBS队列
客户硬件需求(56核192GB内存,总价33000元):
CPU | intel xeon platinum 8176F 28核2.1G | 2 |
内存 | 三星16G DDR4-2666 ECC REG | 12 |
散热 | 猫头鹰3647 | 2 |
主板 | x11DAI-N | 1 |
电源 | 台达NX650W | 1 |
固态 | 三星M.2接口 NVME 500GB系统盘 | 1 |
硬盘 | 希捷4T ST4000NM000A企业级存储盘 | 1 |
机箱 | 追风者614pc | 1 |
外观(这个CPU是8280L顶配的):
到货后远程帮助配置网络之后可在个人PC机器上远程使用:
PBS队列配置和查看:
[test@localhost cp2k]$ pbsnodes -a
localhost
Mom = localhost
ntype = PBS
state = free
pcpus = 112
resources_available.arch = linux
resources_available.host = localhost
resources_available.mem = 196503192kb
resources_available.ncpus = 56
resources_available.vnode = localhost
resources_assigned.accelerator_memory = 0kb
resources_assigned.hbmem = 0kb
resources_assigned.mem = 0kb
resources_assigned.naccelerators = 0
resources_assigned.ncpus = 0
resources_assigned.vmem = 0kb
resv_enable = True
sharing = default_shared
last_state_change_time = Tue May 19 14:54:22 2020
last_used_time = Tue May 19 14:54:22 2020
[test@localhost g16]$ qstat
Job id Name User Time Use S Queue
---------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
69.localhost test test 00:08:00 R workq
70.localhost test test 0 Q workq
71.localhost test test 0 Q workq
CP2K version 7.0任务提交:
[test@localhost cp2k]$ ll
total 308
-rw-r--r-- 1 test gaussian 193663 Jan 26 2014 BASIS_SET
-rw-r--r-- 1 test gaussian 109253 Jan 26 2014 GTH_POTENTIALS
-rw-r--r-- 1 test gaussian 1506 Jan 27 2014 Si_bulk8.inp
-rwxr-xr-x 1 test gaussian 369 May 23 15:07 sub_cp2k
[test@localhost cp2k]$ qsub sub_cp2k
71.localhost
gaussian16-A03-AVX2任务提交:
[test@localhost g16]$ qsub sub_g16
MaterialsStudio2019任务提交(castep模块):
[test@localhost Ag]$ qsub sub_ms
vasp.5.4.4任务提交:
[test@localhost test]$ qsub sub_vasp
同时Materials studio还支持在PC端的MS上通过Gateway提交:
02 GPU案例:分子动力学 量子化学(江南大学)
客户目标程序:
ORCA,
Gaussian,
Gromacs(GPU),
Amber,
NAMD
机器配置:
型号(高配版8175M 48核 196GB) | 个数 | |
CPU | intel xeon platinum 8175M 24核 2.5GHz | 2 |
内存 | 三星16G DDR4-2666 ECC REG | 12 |
散热 | 采融3647 | 2 |
主板 | 华擎EP2C621D12WS | 1 |
电源 | 长城1250W,SANKPH 3KVA-2400W UPS | 1 |
显卡 | RTX2080 Super | 2 |
硬盘 | 希捷4T ST4000NM000A企业级存储盘 | 1 |
键鼠屏幕 | 飞利浦243V7QHSB黑色,罗技MK200套装 | 1 |
机箱 | 追风者614pc | 1 |
除了CPU的配置外,安装Nvidia驱动和CUDA,GPU版本的Gromacs.
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**ccl2098。获取详细的配置参数。
软件:
CentOS 7.7系统(及常用服务器环境)
服务器所需的各种编译环境、库文件
PBSpro队列(qsub, qstat, qdel)
VASP QE CP2K Abinit MS Castep 等第一性原理
Gaussian ORCA Molpro GAMESS(US) Turbomole NWChem XTB MOPAC等量化程序
Gromacs(GPU版本) Lammps Amber NAMD CHARMM 等分子动力学
Comsol Ansys 等有限元程序
服务器使用,及程序运行教学,程序报错解答,计算速度优化等(一年)
注:商业程序需要用户提供版权证明和源码
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