常见病原微生物有非细胞生物、原核细胞型微生物和真核细胞型微生物3类,其中:属于非细胞生物的病原微生物是病毒、类病毒和朊粒。
属于原核细胞型微生物的病原微生物包括细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体和放线菌,有时广义地统称为细菌。属于真核细胞型微生物的病原微生物就是病原真菌,包括霉菌和酵母。
病原微生物有：朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。
