由于细菌鞭毛极易从菌体脱落，因此常有客户因为染色时的操作不小心导致染色失败，无法观察到细菌鞭毛，在此列举几条鞭毛染色时的注意事项。
一、细菌培养物
1.细菌最好在染色前多传代几次，以增强菌的活力，经有关文献表明，传代三次 的菌染色效果最好。
2.染色使用的细菌在培养基上的培养时间最好在6-8个小时，选取幼灵菌的原因是老龄菌的鞭毛极易脱落。
3.挑取菌落时最好选取边缘菌落，因为此处的菌落活动能力强容易找到鞭毛。
4.挑取菌的菌量不宜过大，宁少勿多，否则菌落重叠不易观察。
二、细菌制片
1.涂片时玻片必须干净，染色前用洗衣粉洗净并在酒精中浸泡24h，用前擦拭干净后使用。
2.将菌落轻点在玻片上，倾斜玻片让菌液自然留下，不要用接种环涂抹或用力过猛，以免破坏鞭毛。
3.挑取菌的时候尽量不要带有培养基。
4.玻片上菌液需自然干燥或在温箱中烘干。
5.水洗时需缓慢冲洗，直接用蒸馏水冲洗染液，不要先倾去染液后再水洗，以免污染背景不易观察，冲洗时要将染液的颜色冲洗干净否则也会影响观察。
三、镜检观察
镜检时先从边缘开始逐渐向中间镜检，因为边缘处菌量小，易观察到单菌落，中心处菌易重叠，不易观察。
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