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MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个功能非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA主要集中于进化分析获得的综合的序列信息，可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等，这里我们来详细介绍如何利用Mega软件构建进化树。
操作过程
1． 准备序列文件：以核苷酸序列为示例
准备fasta序列文件。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内，如下图：
2． 多序列比对
打开MEGA 6，点击Align，选择Edit/Build Alignment，选择Create anew alignment，点击OK。
3. 多序列比对
导入序列后点击“W”（ClustalW）进行比对，也可以选择“Muscle”来比对。
选择Align DNA（如果是氨基酸序列，则会出现Align Protein）。弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。点击OK，开始多序列比对。
4. 构建系统进化树
多序列比对窗口，点击Data，选择Phylogenetic Analysis（下图红框标注的位置），弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA 5主界面建树了。
点击Phylogeny，选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree。一般来讲，参数默认即可（也可根据用户的需要自己进行参数的调节），点击Compute。
PS：Construct/Test Maximum LikelihoodTree（ML）或Construct/Test Neighbor-Joining Tree（NJ）或Construct/Test Minimum-EvolutionTree（ME）为三种不同的建树方法，其中NJ方法最常用
5. 生成序列进化树后的修饰和保存
可以根据“View”中的选项对进化树的形状，然后通过“Image”对图形进行指定格式的保存。
Mega是一个功能非常强大的工具，以上只是它其中一种比较常用的功能。
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