康熙三十五年（1696年）,康熙率11万多大军兵分三路远征厄鲁特蒙古准噶尔部的噶尔丹，西路军（约3.5万人）在昭莫多捕捉到噶尔丹主力（五千余人），大胜噶尔丹。噶尔丹军战死两千余人，被俘数百，势力遭到毁灭性打击。
准噶尔部属于厄鲁特蒙古四部之一，居住在今新疆西北一带。噶尔丹本与清朝有着频繁的马市，清初在平定国内叛乱的战争中对战马的需求量很高，而噶尔丹为了发展当地生产，因此对与清朝的马市十分热衷，曾出现“千余人或数千人，连绵不绝”的场景。但是随着清朝陆续平定 “三藩之乱”、收复台湾，对马匹的需求也减少，因此清政府下令限制马市的谕令，这对噶尔丹来说无疑是重大打击。康熙二十三年（1684年）噶尔丹在未经清朝同意的情况下强行遣使入京，从此双方关系恶化。康熙二十七年（1688年）噶尔丹侵占喀尔喀蒙古，并在漠南地区与清朝发生激战，这场战役双方都损失惨重，未能分出胜负，是昭莫多之战的前奏。
噶尔丹
噶尔丹曾经是一位雄才大略的游牧民族枭雄，带领准噶尔部建立了雄踞西域的准噶尔汗国。康熙二十七年（1688年），噶尔丹率军三万远征蒙古高原时，后方的准噶尔汗国被其侄子策妄阿拉布坦篡夺，噶尔丹成为一只孤军，同时与蒙古高原的蒙古人、准噶尔汗国、清朝政权为敌。
康熙二十九年（1690年），噶尔丹曾经率2万人深入漠南，大败各部蒙古人，并在乌尔会河之战大败2万多清军。之后噶尔丹和六七万清军大战于距离北京只有700里的乌兰布通，战场上双方不分胜负，清军损失更大。但噶尔丹没有一战彻底击垮优势清军，清军后援还在不断赶来，噶尔丹只能撤退，撤退途中，噶尔丹军遭遇瘟疫，损失惨重，势力大损。
康熙三十五年（1696年），康熙带兵亲征，欲一举消灭噶尔丹这个隐患。清军总计出兵11万多人，分三路进军，其中康熙本人随3.7万人的中路军行动。康熙本人带领的中路军到达噶尔丹宿营地时，噶尔丹提前得到消息循逃，中路军无功而返。幸运的是，西路军捕捉到噶尔丹军，双方在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托附近）大战，大约三万五千清军对阵五千噶尔丹军，兵力优势极大的清军毫无悬念地击败了噶尔丹军，斩首两千，俘获数百。
康熙
康熙这次亲征时，噶尔丹已经实力很弱，兵力只有五六千人。清军的难题在于成功地捕捉到噶尔丹军，不然只能无功而返。虽然康熙本人的中路军没有找到噶尔丹军，但幸运的西路军捕捉到了噶尔丹军，让这次远征没有无功而返。
昭莫多之战最终以清军大胜告终，原因是多方面的，首先便是双方力量过于悬殊。其次便是双方在指挥上的差距，噶尔丹对清军进攻并无察觉，因此匆忙应战。而清军在逼近昭莫多的途中以逸待劳，主动出击，厄鲁特军慌忙逃跑。再次与康熙皇帝的谋略不无关系。当时朝廷主战者甚少，康熙却能不顾朝臣反对，坚决派兵出征，并怒斥进军途中建议撤退的大臣。同时，康熙知人善任，他任命费扬古为前敌总指挥，后者在作战指挥方面表现出了非凡的才能。
