孟德尔随机化可以应用在临床研究上,也可以应用在生信分析、基础实验上,孟德尔随机化可以用来发SCI,也可以用来辅助课题设计。现在来分享一下孟德尔随机化如何辅助生信课题筛选与验证。
孟德尔随机化在生信课题中扮演的角色:
1、筛选基因(进一步筛选)
2、辅助验证(多一重验证,多一重保障)
例如我们通过生信分析筛选出了5个候选基因,但是我们需要选出一个基因来做功能实验或者预实验,这个时候就可以考虑用孟德尔随机化来进一步筛选了,进一步缩小范围,根据孟德尔随机化的结果进行精准筛选。
此外,孟德尔随机化还有辅助验证的功能,例如生信、功能实验结果表明:xxx基因表达下调,抑制xxx疾病的发生、发展。由于实验样本量比较小,审稿人仍然需要额外的验证,由于时间的关系或者没有足够的经费,这个时候就可以考虑用孟德尔随机化来验证,最后发现孟德尔随机化的结果(OR值小于1,p值小于0.05)跟前面的结果一致。
孟德尔随机化验证的优势:
非肿瘤可以用孟德尔随机化验证吗?
肿瘤与非肿瘤都可以用的,只要找到数据就可以用。
孟德尔随机化验证可以代替实验验证吗?
不能替代实验,生信分析 孟德尔随机化验证模式仍然有很可能要求补实验,对于重要的课题基金申请,没有实验验证肯定是不行的。
关于具体操作问题
如何下载基因的eQTL数据?
如何提取自己想要基因的eQTL数据?
如何进行基因的孟德尔随机化分析?
大家可以自行去摸索!
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