有的科学家认为它们来源于冈瓦纳大陆裂解时期，是一种会飞的动物，冈瓦纳大陆在大约2亿年前开始分裂和解体，现在的南极大陆被分离出来，开始向南漂移。此时企鹅的祖先们正好在天空中飞翔，发现了漂移的南极大陆，它们认为这个地方是一块乐土。于是，它们经过观察、讨论，最后选择了这片土地作为它们的栖息地。但是它们却发生了脱胎换骨的变化，随着岁月的流逝，世纪的更替，最后变成了现今的企鹅，
虽然这种说法有点离奇，但是，也不是完全没有科学根据的。古生物学家曾经在南极发现过类似企鹅的化石。它们经过研究，企鹅的前身，具有两栖动物的某些特征。
企鹅起源问题的科学解释，仍然是生物学家求索、探讨和研究的课题，这个谜总有一天会被揭开。
1887年，孟兹比尔提出过一个理论，认为企鹅有可能是独立于其他鸟类，单独从爬行类演变进化而来。企鹅的鳍翅不是鸟类的翅膀变异形成的，而是由爬行类的前肢直接进化形成的，企鹅根本没有经历过飞翔阶段。后来，科学家们在南极发现了一种类似企鹅的动物化石，它高约1米、体重有9千克，具有两栖动物的特征。这个发现似乎印证了孟兹比尔的猜测。
1981年，日本也发现了一种类似企鹅的海鸟化石。专家认为，这是一种距今3000万年、不会飞的原始企鹅的化石，或许它就是现代企鹅的史前祖先。
