影片开头是美国国家监测机构监测到一不明物体，以每秒3万公里的速度从木星冲向地球。军方打算发射多枚导弹进行拦截，无奈不明物体速度太快，无法定位，直至78分钟后一个巨大的发光球体冲上了地球。
当军方部队赶到时一个类似人形的发光物体从球体中走出，以为是带有攻击性被军方误打伤，在它倒地的那一刻本森博士上去接住了。
本森博士
也好在本森博士善意的举动，才避免了外星人背后守护者的攻击。
纳米虫组成的巨人
守护者看到主人安全也就撤了回去。外星人被带回实验室急救时心脏已停止跳动，当医护人员用电击恢复心跳时，电子设备一碰上外星人，就直接短路。没办法只能找外科医生给外星人做手术将子弹切出来。
外星人脱落组织
外科医生给外星人下刀后发现其身体组织正在不停的脱落，脱落完成后，展现出来的是一个与人类身体完全一样的人，而且还会说话，他叫克拉图。
实验室将这一情况报告给美国国防部，国防部长要求克拉图将他来此处的目的，来自哪里一一交代清楚。
左克拉图中本森博士右国防部长
克拉图说他只会告诉联合国，不会和任何人说，部长决定给克拉图打麻药，然后转移到别的地方进行审问。本森博士不赞成部长的做法，偷偷将麻药换成了水，告诉克拉图赶紧逃跑，克拉图趁审问时逃脱了部长的控制。
克拉图因误吃人类食物晕倒被警察带走，他在地球谁也不认识，这时他想到了本森博士，于是叫警察通知本森博士来带他走。克拉图看到本森来，他害怕自己犯错了，抱歉的看着本森。
本森并没有怪他，反而觉得克拉图并不坏，他也没有伤害人类，所以本森愿意相信他。
另一边国防部军方正在炮轰纳米虫巨人，然而战斗机被纳米虫控制，导弹射向了自己人 。
克拉图觉得人类已无可救药，他们在不断的毁坏地球，使得地球即将走向灭亡。为了拯救地球，他决定通过球体通知自己的上级，让纳米虫侵蚀掉地球上的所有建筑和人类，这样地球就可以保存下来。
这时无知的人类还在想着如何毁掉纳米虫巨人，将其拉回实验室，打算将其高温溶解。
然后他们这行为是在自取灭亡，纳米虫巨人接到毁灭地球的命令后，瞬间分散，成为纳米虫，直接将整个地下实验室侵蚀掉。
纳米虫疯狂的侵蚀着地球，所到之处化为灰烬。
每侵蚀一栋建筑，纳米虫群就跟着壮大。本森因帮助克拉图逃跑，被警察带走。这时只有本森的儿子和克拉图在一起。克拉图在与本森儿子雅格布相处的过程中被这个孩子的真诚所感动，他决定保护这个孩子，并带他找回他的妈妈本森。
这时国防部长看到城市被不断侵蚀，她终于相信了本森的话。决定放本森去寻找克拉图，让他帮忙拯救地球。本森和雅格布重聚后，两人深深的抱在一起哭着。
克拉图第一次看到人类真实的情感，被他们之间的感情所感动，最后他决定帮助本森拯救人类。
最后消灭了纳米虫，克拉图和球体一起回了自己的星球。
