第一，物种是可变的，生物是进化的。
当时绝大部分读了《物种起源》的生物学家都很快地接受了这个事实，进化论从此取代神创论，成为生物学研究的基石。
第二，自然选择是生物进化的动力。
生物都有繁殖过盛的倾向，所以生物必须“为生存而斗争”。
在同一种群中的个体存在着变异，那些具有能适应环境的有利变异的个体将存活下来，并繁殖后代，不具有有利变异的个体就被淘汰。
如果自然条件的变化是有方向的，则在历史过程中，经过长期的自然选择，微小的变异就得到积累而成为显著的变异。由此可能导致亚种和新种的形成。
物种起源强调的是追溯物种的源头，而进化论强调的是物种的将进化和发展方向。
